Phylogenetics of the Daphnia longispina complex in Tibetan lakes
Notice bibliographique
Résumé
To understand the phylogeography of the Daphnia longispina complex (consisting of three species: Daphnia longispina, Daphnia galeata and Daphnia dentifera) in the lakes of Tibet, we amplified the mitochondria COI sequences of the Daphnia longispina complex from Tibetan lakes and compared these with sequences from GenBank (containing Daphnia longispina from Europe, Daphnia galeata from the low altitudes area of eastern China, and Daphnia dentifera from Canada).Results showed that there is significant differentiation within Daphnia longispina, Daphnia galeata and Daphnia dentifera in the lakes of Tibet.The genetic diversity within Daphnia dentifera is 0.33-2.32%,0.33-2.74%for Daphnia galeata, and 1.33-5.50%for Daphnia longispina, representing the largest among the three species.Both Maximum Likelihood and Bayes trees based on mitochondria COI sequences showed that the Daphnia longispina complex was composed of three obvious clades, corresponding to Daphnia longispina, Daphnia galeata and Daphnia dentifera, respectively.The genetic diversity among the clades was 9.40-16.98%,according to a Kimura 2-parameter model.Haplotype network based on the mitochondria COI sequences showed that the Daphnia longispina complex was composed of three branches, corresponding to Daphnia longispina, Daphnia galeata and Daphnia dentifera, respectively.Early Chinese records showed that Daphnia longispina was widely distributed, but in this present study, Daphnia longispina only appeared in Lake Bangongcuo, and Daphnia galeata and Daphnia dentifera were more widely distributed.Because of the difficulty in morphological identification as well as the lack of molecular data in early investigations, the early records of Daphnia longispina in China were probably confused with Daphnia galeata or Daphnia dentifera.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».