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Enregistrement W3105325997 · doi:10.1136/bmjopen-2020-038119

Cohort profile: The Forzani & MacPhail Colon Cancer Screening Centre biorepository, Calgary, Alberta

2020· article· en· W3105325997 sur OpenAlexafffundabout
Robert J. Hilsden, Steven J. Heitman, Mubasiru Lamidi, Mamadou Dian Diallo, Janine English, Susanna Town, Shane Cartwright, Courtney Maxwell, Mary-Elizabeth McGillivray, Elizabeth McGregor, Amanda M. Barberio, Joy Pader, Darren R. Brenner, Linda Rabeneck

Notice bibliographique

RevueBMJ Open · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueColorectal Cancer Screening and Detection
Établissements canadiensPublic Health OntarioUniversity of TorontoAlberta Health ServicesUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesUniversity of CalgaryAlberta InnovatesFondation pour la Recherche MédicaleCanadian Institutes of Health ResearchAlberta Cancer FoundationAlberta Health Services
Mots-clésMedicineBiorepositoryColorectal cancerEpidemiologyCohort studyCohortCancerGerontologyFamily medicineInternal medicineOncologyBiobankBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: The Colon Cancer Screening Centre (CCSC) biorepository (Calgary, Canada) supports a wide range of research topics related to colorectal cancer (CRC) by collecting, and storing biospecimens (blood, urine, normal colon tissue) from consenting patient participants. Housing unique biospecimens along with detailed participant lifestyle and health history questionnaire data, the CCSC biorepository can support a variety of research related to CRC risk factors, biomarkers, genetic causes and more. PARTICIPANTS: Currently, 2292 average risk CRC patients have consented to participate in the CCSC cohort and have provided stored biospecimens. The collected samples and data provide important high-quality materials for research, discovery and evaluation related to CRC screening and carcinogenesis and is available for access by outside researchers. In addition to biological samples, the CCSC collects detailed patient information on their lifestyle, physical activity and dietary patterns through questionnaires at the time of their enrolment. FINDINGS TO DATE: (overweight), 53% having never smoked tobacco and 13% having a family member with CRC. FUTURE PLANS: The CCSC cohort plans to include the recruitment of high risk CRC cohorts. High-risk participants would comprise patients with a positive faecal immunochemical test and family history of CRC.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,297
Score d'incertitude au seuil0,597

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0020,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0730,019

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,078
Tête enseignante GPT0,373
Écart entre enseignants0,296 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2020
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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