DEPENDENCE OF OVERALL AND RELAPSE-FREE PATIENTS SURVIVAL FROM MOLECULAR GENETIC SUBTYPE OF ESOPHAGEAL SQUAMOUS CELL CANCER
Notice bibliographique
Résumé
Esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) is a group of heterogeneous tumors with a different prognosis. In recent years, various molecular signatures of ESCC have been identified, which are different in different populations. The aim of the study was the molecular typing of ESCC patients in southern Russia and the assessment of patient survival, taking into account the identified tumor molecular genetic subtype. The material for the study was the sections of FFPE-blocks of 124 patients with ESCC. Tumor and non-tumor esophagus cells isolation was carried out by laser microdissection with contactless capture. 248 DNA samples were extracted from the cells by the phenol-chloroform method. For molecular typing of ESCC, the relative copy number variation (CNV) of 8 genes (CUL3, ATG7, SOX2, TP63, YAP1, VGLL4, CDK6, KDM6A) was determined by Real-Time qPCR and 7 single nucleotide polymorphisms (SNP) (NFE2L2 (c.85G> A), NOTCH1 ( c.1379C> T), NOTCH1 (c.1451G> T), ZNF750 (c.414C> A), ZNF750 (c..1621G> A), SMARCA4 (p.Q758 *, c.2272C> T), KMT2D (Q5170 *, c.15508C> T)) were determined by the method of Sanger direct sequencing. During the study, in ESCC patients of the Southern Russia population identified SNP in genes NFE2L2, NOTCH1, SMARCA4, KMT2D and CNV of genes CUL3, ATG7, SOX2, TP63, YAP1, VGLL4, CDK6 and KDM6A, earlier described for populations of Eastern Europe, Canada and the USA. Three molecular genetic subtypes of ESCC were verified, based on the differences in SNP and CNV of these genes: ESCC1 was verified in 31.5%, ESCC2 in 66.1%, and ESCC3 in 2.4% of patients. At the same time, higher survival rates were established in ESCC patients with the molecular genetic subtype ESCC2, as compared with ESCC1 and ESCC3. Differences in survival between the three groups were statistically significant (p = 0.00001). Thus, the determination of the molecular genetic subtype of ESCC is an important approach to improve the prediction of the course of this disease and the possibility of adjusting the appropriate therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».