Methods to Study Intracellular Movement and Localization of the Nucleotide Excision Repair Proteins at the DNA Lesions in Mammalian Cells
Notice bibliographique
Résumé
Nucleotide excision repair (NER) is the most versatile DNA repair pathway that removes a wide variety of DNA lesions caused by different types of physical and chemical agents, such as ultraviolet radiation (UV), environmental carcinogen benzo[a]pyrene and anti-cancer drug carboplatin. The mammalian NER utilizes more than 30 proteins, in a multi-step process that begins with the lesion recognition within seconds of DNA damage to completion of repair after few hours to several days. The core proteins and their biochemical reactions are known from in vitro DNA repair assays using purified proteins, but challenge was to understand the dynamics of their rapid recruitment and departure from the lesion site and their coordination with other proteins and post-translational modifications to execute the sequential steps of repair. Here, we provide a brief overview of various techniques developed by different groups over last 20 years to overcome these challenges. However, more work is needed for a comprehensive knowledge of all aspects of mammalian NER. With this aim, here we provide detailed protocols of three simple yet innovative methods developed by many teams that range from local UVC irradiation to in situ extraction and sub-cellular fractionation that will permit study of endogenous as well as exogenous NER proteins in any cellular model. These methods do not require unique reagents or specialized instruments, and will allow many more laboratories to explore this repair pathway in different models. These techniques would reveal intracellular movement of these proteins to the DNA lesion site, their interactions with other proteins during repair and the effect of post-translational modifications on their functions. We also describe how these methods led us to identify hitherto unexpected role of poly(ADP-ribose) polymerase-1 (PARP1) in NER. Collectively these three simple techniques can provide an initial assessment of the functions of known and unknown proteins in the core or auxiliary events associated with mammalian NER. The results from these techniques could serve as a solid foundation and a justification for more detailed studies in NER using specialized reagents and more sophisticated tools. They can also be suitably modified to study other cellular processes beyond DNA repair.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».