An MRI-Derived Neuroanatomical Atlas of the Fischer 344 Rat Brain
Notice bibliographique
Résumé
Abstract This paper reports the development of a high-resolution 3-D MRI atlas of the Fischer 344 adult rat brain. The atlas is a 60 μm isotropic image volume composed of 256 coronal slices with 71 manually delineated structures and substructures. The atlas was developed using Pydpiper image registration pipeline to create an average brain image of 41 four-month-old male and female Fischer 344 rats. Slices in the average brain image were then manually segmented, individually and bilaterally, on the basis of image contrast in conjunction with Paxinos and Watson’s (2007) stereotaxic rat brain atlas. Summary statistics (mean and standard deviation of regional volumes) are reported for each brain region across the sample used to generate the atlas, and a statistical comparison of a chosen subset of regional brain volumes between male and female rats is presented. On average, the coefficient of variation of regional brain volumes across all rats in our sample was 4%, with no individual brain region having a coefficient of variation greater than 13%. A full description of methods used, as well as the atlas, the template that the atlas was derived from, and a masking file, can be found at Zenodo at https://doi.org/10.5281/zenodo.3555556 . To our knowledge, this is the first MRI atlas created using Fischer 344 rats and will thus provide an appropriate neuroanatomical model for researchers working with this strain. HIGHLIGHTS ⍰ Open-access high-resolution anatomical MRI template for Fischer 344 rat brain. ⍰ Segmented atlas of 71 regions for use as a tool in Fischer 344 preclinical research paradigms. ⍰ Analysis of population variability of regional brain volumes. ⍰ Analysis of sex-differences in regional brain volumes KEYWORDS: Fischer 344; Structural MRI; Segmentation; Rat brain template; Digital brain atlas; Sex-differences;
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,015 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».