PSV-36 Optimization of Collection, Storage, and Extraction of Samples for Large-Scale 16s Sequencing Project
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Correlations between the microbiome of the horse and various physiological parameters continue to be determined. Most evaluations of the equine microbiome have been regionally focused with limited numbers or variability. In order to elucidate the role of the microbiome on equine health, a large-scale trial has been initiated with a primary objective of analyzing and characterizing the microbiome of the horse. A study of this scope relies on the horse owner to collect samples from various locations and ship them to a centralized lab. Therefore, collection protocols and extraction techniques need to be optimized to maintain sample integrity. A trial was conducted to evaluate the storage conditions and extraction methodologies necessary to develop an optimized method of sample collection, preparation, and extraction. Samples were collected from a single horse and subjected to one of four treatments in duplicate (1-fresh, 2-frozen, 3-stored in 99% EtOH, and 4-stored in a commercially available DNA/RNA transport medium; DNA/RNA Shield®, Zymo Research, Irvine, CA). Frozen samples were placed at -80◦ C immediately following collection and stored for 48-hr. Frozen samples were thawed immediately prior to extraction. All other treatments were stored as dictated by treatment at room temperature for 48-hr prior to extraction to mimic shipping. Samples were processed utilizing a commercially available DNA extraction kit (Quick-DNA™ Fecal/Soil Microbe Miniprep, Zymo Research). DNA extract was analyzed for quantity utilizing a Qubit Fluorometer (ThermoFisher, Waltham, MA), and quality via spectrophotometry (NanoDrop 2000; ThermoFisher, Waltham, MA). Swabs stored in DNA/RNA Shield® yielded higher concentrations of DNA with superior 260/280 values than other treatments. These data indicate that storage of fecal swabs in an appropriate buffer combined with optimized extraction protocols can deliver adequate extracts that can be utilized for 16s sequencing and validates the use of this method for large-scale microbiome analysis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,010 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».