SNP Variants at 16p13.11 Clarify the Role of the <i>NDE1</i>/miR-484 Locus in Major Mental Illness in Finland
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Through copy number variations, the 16p13.11 locus has been consistently linked to mental disorders. This locus contains the NDE1 gene, which also encodes microRNA-484. Both of them have been highlighted to play a role in the etiology of mental illness. A 4-SNP haplotype spanning this locus has been shown to associate with schizophrenia in Finnish females. Here we set out to identify any functional variations implicated by this haplotype. We used a sequencing and genotyping study design to identify variations of interest in a Finnish familial cohort ascertained for schizophrenia. We identified 295 variants through sequencing, none of which were located directly within microRNA-484. Two variants were observed to associate with schizophrenia in a sex-dependent manner (females only) in the whole schizophrenia familial cohort (rs2242549 P = .00044; OR = 1.20, 95% CI 1.03–1.40; rs881803 P = .00021; OR = 1.20, 95% CI 1.02–1.40). Both variants were followed up in additional psychiatric cohorts, with neuropsychological traits, and gene expression data, in order to further examine their role. Gene expression data from the familial schizophrenia cohort demonstrated a significant association between rs881803 and 1504 probes (FDR q &lt; 0.05). These were significantly enriched for genes that are predicted miR-484 targets (n = 54; P = .000193), and with probes differentially expressed between the sexes (n = 48; P = .000187). While both SNPs are eQTLs for NDE1, rs881803 is located in a predicted transcription factor binding site. Based on its location and association pattern, we conclude that rs881803 is the prime functional candidate under this locus, affecting the roles of both NDE1 and miR-484 in psychiatric disorders.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».