PSIII-2 Assessment of runs of homozygosity and estimates of inbreeding in three purebred turkey (Meleagris gallopavo) lines
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Runs of homozygosity (ROH) are continuous stretches of homozygous genotypes in an individual that have been passed down from a common ancestor and can be used to accurately characterize genomic data. These ROH are correlated with other measures of inbreeding and have been applied to quantify individual autozygosity. The aim of this study was to detect and describe ROH in the turkey genome and estimate and compare measures of pedigree-based inbreeding coefficients (FPED) and genomic-based inbreeding coefficients estimated from ROH (FROH) and the genomic relationship matrix (FGRM). Pedigree records (n = 2,616,890) and genotypic records (n = 6,371) were available from three purebred turkey (Meleagris gallopavo) lines. Genotypic records were collected between 2013 and 2019 and were obtained using a dense single nucleotide polymorphism array (56,452 SNP). The overall mean length of detected ROH per animal was 2.87±0.29 Mb and mean number of ROH per animal was 84.87±8.79. Short ROH with lengths of 1–2 Mb long were the most abundant throughout the genome, accounting for approximately 45% of the identified segments. Mean ROH coverage differed greatly between chromosomes and lines. Across all lines, genomic derived inbreeding coefficients (FROH=0.27; FGRM=0.32) were higher than coefficients estimated from pedigree records (FPED=0.14). Ranges of correlations between FROH and FPED (0.19–0.31), FROH and FGRM (0.68–0.73), and FPED and FGRM (0.17–0.30) were estimated. Results from the current research provide a fundamental description of inbreeding in the turkey genome which is critical considering the growing concerns of the detrimental effects of increased inbreeding on fitness and health in livestock production. The knowledge gained from this study may subsequently be used to evaluate and maintain genetic diversity that is necessary for genetic improvement and minimizing inbreeding in turkey breeding programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».