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Enregistrement W3107659842 · doi:10.1101/2020.12.01.20241281

Dissecting the shared genetic architecture of suicide attempt, psychiatric disorders and known risk factors

2020· preprint· en· W3107659842 sur OpenAlexaff
Niamh Mullins, Jooeun Kang, Adrián I. Campos, Jonathan R. I. Coleman, Alexis C. Edwards, Hanga Galfalvy, Daniel F. Levey, Adriana Lori, Andrey A. Shabalin, Anna Starnawska, Mei‐Hsin Su, Hunna J. Watson, Mark J. Adams, Swapnil Awasthi, Michael J. Gandal, Jonathan D. Hafferty, Akitoyo Hishimoto, Minsoo Kim, Satoshi Okazaki, Ikuo Otsuka, Stephan Ripke, Erin B. Ware, Andrew W. Bergen, Wade H. Berrettini, Martin Bohus, Harry Brandt, Xiao Chang, Wei J. Chen, Hsi‐Chung Chen, Steven Crawford, Scott J. Crow, Emily DiBlasi, Philibert Duriez, Fernando Fernández‐Aranda, Manfred M. Fichter, Steven Gallinger, Stephen J. Glatt, Philip Gorwood, Yiran Guo, Håkon Håkonarson, Katherine A. Halmi, Hai‐Gwo Hwu, Sonia Jain, Stéphane Jamain, Susana Jiménez‐Múrcia, Craig Johnson, Allan S. Kaplan, Walter H. Kaye, Pamela K. Keel, James L. Kennedy, Kelly L. Klump, Robert D. Levitan, Dong Li, Shih‐Cheng Liao, Klaus Lieb, Lisa Lilenfeld, Chih‐Min Liu, Pierre J. Magistretti, Christian R. Marshall, James E. Mitchell, Eric T. Monson, R Myers, Dalila Pinto, Abigail Powers, Nicolás Ramoz, Stefan Roepke, Alessandro Rotondo, Vsevolod Rozanov, Stephen W. Scherer, Christian Schmahl, Marcus Sokolowski, Michael Strober, Laura M. Thornton, Janet Treasure, Ming T. Tsuang, Maria C. La Via, Stephanie H. Witt, D. Blake Woodside, Zeynep Yılmaz, Lea Zillich, Rolf Adolfsson, Ingrid Agartz, Tracy Air, Martin Alda, Lars Alfredsson, Ole A. Andreassen, Adebayo Anjorin, Vivek Appadurai, María Soler Artigas, Sandra Van der Auwera, M.H. Azevedo, Nicholas Bass, Claiton H.D. Bau, Bernhard T. Baune, Frank Bellivier, Joanna M. Biernacka, Tim B. Bigdeli, Elisabeth B. Binder, Michael Boehnke, Marco P. Boks, Rosa Bosch, David Braff, Richard A. Bryant, Monika Budde, Enda M. Byrne, Wiepke Cahn, Miguel Casas, Enrique Castelao, Jorge A. Cervilla, Boris Chaumette, Sven Cichon, Aiden Corvin, Nicholas Craddock, David W. Craig, Franziska Degenhardt, Srdjan Djurovic, Howard J. Edenberg, Ayman H. Fanous, Jerome C. Foo, Andreas J. Forstner, Mark A. Frye, Janice M. Fullerton, Justine M. Gatt, Pablo V. Gejman, Ina Giegling, Hans J. Grabe, Melissa J. Green, Eugênio H. Grevet, Maria Grigoroiu‐Serbânescu, Blanca Gutiérrez, José Guzmán‐Parra, Steven P. Hamilton, Marian L. Hamshere, Annette M. Hartmann, Joanna Hauser, Stefanie Heilmann‐Heimbach, Per Hoffmann, Marcus Ising, Ian Jones, Lisa Jones, Lina Jönsson, René S. Kahn, John R. Kelsoe, Kenneth S. Kendler, Stefan Kloiber, Karestan C. Koenen, Manolis Kogevinas, Bettina Konte, Marie‐Odile Krebs, Mikael Landén, Jacob Lawrence, Marion Leboyer, Phil H. Lee, Douglas F. Levinson, Calwing Liao, Jolanta Lissowska, Susanne Lucae, Fermín Mayoral, Susan L. McElroy, Patrick J. McGrath, Peter McGuffin, Andrew McQuillin, Sarah E. Medland, Divya Mehta, Ingrid Melle, Yuri Milaneschi, Philip B. Mitchell, Esther Molina, Gunnar Morken, Preben Bo Mortensen, Bertram Müller‐Myhsok, Caroline M. Nievergelt, Vishwajit L. Nimgaonkar, Markus M. Nöthen, Michael O‘Donovan, Roel A. Ophoff, Michael J. Owen, Carlos N. Pato, Michele T. Pato, Brenda W.J.H. Penninx, Jonathan Pimm, Giorgio Pistis, James B. Potash, Robert A. Power, Martin Preisig, Digby Quested, Josep Antoni Ramos‐Quiroga, Andreas Reif, Marta Ribasés, Vanesa Richarte, Marcella Rietschel, Margarita Rivera, Andrea L. Roberts, Gloria Roberts, Guy A. Rouleau, Diego Luiz Rovaris, Dan Rujescu, Cristina Sánchez‐Mora, Alan R. Sanders, Peter R. Schofield, Thomas G. Schulze, Laura J. Scott, Alessandro Serretti, Jianxin Shi, Stanley I. Shyn, Lea Sirignano, Pamela Sklar, Olav B. Smeland, Jordan W. Smoller, Edmund Sonuga‐Barke, Gianfranco Spalletta, John S. Strauss, Beata Świątkowska, Maciej Trzaskowski, Gustavo Turecki, Laura Vilar‐Ribó, John B. Vincent, Henry Völzke, James Walters, Cynthia Shannon Weickert, Thomas W. Weickert, Myrna M. Weissman, Leanne M. Williams, Naomi R. Wray, Clement C. Zai, Esben Agerbo, Anders D. Børglum, Gerome Breen, Annette Erlangsen, Tõnu Esko, Joel Gelernter, David M. Hougaard, Ronald C. Kessler, Henry R. Kranzler, Qingqin S. Li, Nicholas G. Martin, Andrew M. McIntosh, Ole Mors, Merete Nordentoft, Catherine M. Olsen, David J. Porteous, Robert J. Ursano, Danuta Wasserman, Thomas Werge, David C. Whiteman, Cynthia M. Bulik, Hilary Coon, Ditte Demontis, Anna R. Docherty, Po‐Hsiu Kuo, Cathryn M. Lewis, J. John Mann, Miguel E. Rentería, Daniel J. Smıth, Eli A. Stahl, Fabian Streit, Virginia L. Willour, Douglas M. Ruderfer

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomainePsychology
ThématiqueSuicide and Self-Harm Studies
Établissements canadiensColumbia CollegeMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and HospitalDalhousie UniversitySte. Anne's HospitalUniversity of TorontoUniversity Health NetworkHospital for Sick ChildrenCentre for Addiction and Mental Health
Organismes subventionnairesDivision of Materials ResearchNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of HealthVanderbilt University
Mots-clésGenome-wide association studyPsychiatryGenetic architectureEtiologyMedicinePsychologyClinical psychologyGeneticsBiologySingle-nucleotide polymorphismGenotypeQuantitative trait locusGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Suicide is a leading cause of death worldwide and non-fatal suicide attempts, which occur far more frequently, are a major source of disability and social and economic burden. Both are known to have a substantial genetic etiology, which is partially shared and partially distinct from that of related psychiatric disorders. We conducted a genome-wide association study (GWAS) of 29,782 suicide attempt (SA) cases and 519,961 controls in the International Suicide Genetics Consortium and conditioned the results on psychiatric disorders using GWAS summary statistics, to investigate their shared and divergent genetic architectures. Two loci reached genome-wide significance for SA: the major histocompatibility complex and an intergenic locus on chromosome 7, which remained associated after conditioning and has previously been implicated in risk-taking, smoking, and insomnia. SA showed strong genetic correlation with psychiatric disorders, particularly major depression, and also with smoking, lower socioeconomic status, pain, lower educational attainment, reproductive traits, risk-taking, sleep disturbances, and poorer overall general health. After conditioning, the genetic correlations between SA and psychiatric disorders decreased, whereas those with non-psychiatric traits remained largely unchanged. Our results identify a risk locus that contributes more strongly to SA than other phenotypes and suggest the existence of a shared genetic etiology between SA and known risk factors that is not mediated by psychiatric disorders.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,017
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,271 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations29
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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