PSXII-24 Identification of selection signatures for response of American mink to Aleutian mink disease virus infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aleutian disease (AD) is one of the most important health problems in the mink industry worldwide, leading to economic losses. We used a set of single nucleotide polymorphisms (SNPs) to detect the genomic regions potentially under selection for response to Aleutian mink disease virus (AMDV) infection in black American mink. A total of 191 mink which were inoculated with a local strain of AMDV and survived until pelting were genotyped using genotyping-by-sequencing technique. The presence of viral DNA in the spleen samples were tested by polymerase chain reaction. After filtering, 47,800 SNPs at 171 individuals were used for further analyses. Signatures of selection for response to AMDV infection were detected using fixation index (FST) and nucleotide diversity (θπ) statistics measured between negative and positive groups. The overlap of top 1% SNPs obtained from both FST and θπ scores were considered as potential selection signs. This measurement identified a total of 21 candidate regions containing 11 genes which were likely subjected to selection for viral clearance. Several identified genes were those that modulate immune system (TCF4), reproductive process (CATSPERB, MAS1 and IGF2R), response to stimulus (WNT11 and MAS1), and functions of heart (TENM4 and WNT11) and liver (IGF2R). In addition, gene ontology showed that 63.6% of detected genes (seven) were involved in binding activities (GO:0005488). These genes can be used in molecular assessment of viral clearance in American mink. The results indicated that selection for viral clearance and thus AD tolerant animals can be a feasible strategy to deal with the global AMDV infection on mink farms.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».