Genotyping and Genetic Diversity Analysis of 47 Flowering Cherry (<I>Cerasus</i>) Germplasms
Notice bibliographique
Résumé
In order to provide a theoretical basis for conservation and utilization of excellent flowering cherry germplasms, genetic diversity and genotype were analyzed based on single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers. A total of 47 germplasms were sequenced using restriction site-associated DNA sequencing (RAD-Seq) method, and highly consistent SNP sites have been identified for genetic diversity analysis and genotyping. The RAxML program was used for phylogenetic tree construction, based on the maximum likelihood (ML) method. The ADMIXTURE software was used to analyze genetic structure. The GCTA software was used for principal component analysis. Genetic diversity parameters, includes nucleotide diversity (π value), expected heterozygosity (exp He ) and genetic differentiation index ( F ST ), were carried out using the PopGenome and Arlequin 3.0 software. A total of 79 667 highly consistent SNPs were obtained, after genotype integrity filtering and closely linked sites screening. According to the phylogenetic, principal components and population structure analysis results, the 47 germplasms could be divided into eight genetic clusters. The π and exp He value of each cluster was as follows: I: 0.128 19, 0.119 94; II: 0.139 64, 0.130 55; III: 0.21 55, 0.164 73; IV: 0.086 82, 0.061 22; V: 0.095 49, 0.069 73; VI: 0.191 22, 0.10 61; VII: 0.16 85, 0.158 78; VIII: 0.290 98, 0.183 43. The cluster IV and V presented the largest genetic differentiation, with an F ST value of 0.4612 89, followed by IV and VI, with an F ST value of 0.456 958; the lowest genetic differentiation existed between the cluster VII and VIII, with an F ST value of 0.0976 13. Except for cluster VII and VIII, the genetic differentiation among the other clusters was at or above the medium level. The results of genotyping showed that there were 29 individuals (61.70 %) with single genetic component, and 18 individuals (38.30 %) with two or three genetic components. Based on the results of genetic components analysis, there were four potential interspecific hybridizations. There was a high genetic diversity among 47 flowering cherry germplasms, obvious genetic differentiation among the eight clusters. The genetic components of natural hybrid individuals and artificial hybrid cultivars were revealed, and their parents were inferred, based on the genotyping results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».