PSVIII-15 Genome wide DNA methylation analysis reveals role of DNA methylation in cow’s ileal response to Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Several investigations on disease progression of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) infection in dairy cows have revealed molecular mechanisms including genes and pathways implicated in MAP pathogenesis. Epigenetic processes including DNA methylation are known to regulate the expression of genes and many biological processes. However, limited studies have examined the role of DNA methylation in the pathogenesis of Johne’s disease (JD). This study examined the impact of subclinical MAP infection on DNA methylation profile in the ileum of cows, the site of initial interaction between MAP and host. DNA from ileum tissues from five cows positive for MAP (direct fecal qPCR and blood ELISA test; MAP+/+) and 5 cows negative for MAP (MAP-/-) were subjected to whole genome bisulfite sequencing and bioinformatics analysis. 2000 differentially methylated cytosines (DMCs; FDR< 0.05) and 205 differentially methylated regions (DMRs; P < 0.01) were detected. Majority of DMCs and DMRs are located in intergenic regions (87.2% and 57.1%) followed by intronic regions (12.8% and 30.7%) of genes, respectively. Some DMCs are located on 250 genes including genes that were previously identified to be associated with JD (e.g. IL-12RB2, CD38). Interestingly, CD38, known to play roles in the effective containment of mycobacteria within granulomata in cows and genetic polymorphisms in IL-12RB2 are associated with JD and human Crohn’s disease. Also, several genes of the solute carrier family including SLC13A3, SLC15A1, SLC17A7, SLC25A21, SLC25A38 and SLC9A9 harbored DMCs. Some members of this gene family participate in pathogen clearance and have associations with JD. Our data suggest that DNA methylation changes may have regulatory roles in host (ileum) response to MAP infection. Our data therefore suggest that DNA methylation changes contribute to the regulation of host response to MAP pathogenesis and may be one of the mechanisms that MAP uses to subvert host immune responses for its survival.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».