PSI-1 A systematic review and meta-analysis of GWAS and gene expression results of Holstein cattle under negative energy balance and ketosis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Development of ketosis in high-producing dairy cows contributes to animal health issues and highlights the need for better understanding the genetic basis of metabolic diseases. Thus, the aim of this study was to evaluate the pattern of differential gene expression in liver of cows under negative energy balance (NEB), subclinical, and clinical ketosis through a systematic review and meta-analysis of published gene expression and genome-wide association studies (GWAS) results. After screening of the 118 articles found in the systematic review, 20 articles were included in the analysis. For this, 430 significant SNPs identified by GWAS were investigated to see if they were located within genes reported in gene expression studies. A permutation approach was used to identify the biological pathways associated with the metabolic conditions studied. A gene network was created using the differentially expressed genes harboring significant SNPs and a QTL enrichment analysis was performed to identify potential positional candidate loci. This study revealed 14 genes that are differentially expressed in the liver of cows in different metabolic conditions, which harbor 24 significant polymorphisms in reported GWAS. Three significant metabolic pathways were associated with NEB, subclinical and clinical ketosis. In addition, two important genes, PPARA and ACACA, were identified as differentially expressed in the three metabolic conditions. Gene network analysis revealed co-expression interactions among 34 genes associated with functions involving fatty acid transport and metabolism. The genes FN1 and PTK2 were enriched for QTL previously associated with the trait “ketosis” on chromosome 2 and with the trait “milk iron content” on chromosome 14, respectively. These findings improve the understanding of negative energy balance and ketosis in dairy cows, which could enhance selection for cows less susceptible to ketosis and help with the development of potential biomarkers for early diagnosis and prevention of ketosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,009 | 0,016 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».