MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3108837341 · doi:10.1016/j.celrep.2020.108467

Optogenetic Tuning Reveals Rho Amplification-Dependent Dynamics of a Cell Contraction Signal Network

2020· article· en· W3108837341 sur OpenAlexafffund
Dominic Kamps, Johannes Koch, Victor Ogesa Juma, Eduard Campillo-Funollet, Melanie Graessl, Soumya Banerjee, Tomáš Mazel, Xi Chen, Yao‐Wen Wu, Stéphanie Portet, Anotida Madzvamuse, Perihan Nalbant, Leif Dehmelt

Notice bibliographique

RevueCell Reports · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiquePhotoreceptor and optogenetics research
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesEngineering and Physical Sciences Research CouncilHorizon 2020 Framework ProgrammeWolfson FoundationMercator Research Center RuhrDivision of Mathematical SciencesVetenskapsrådetEuropean Research CouncilLeverhulme TrustStiftung MercatorBundesministerium für Bildung und ForschungNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaKnut och Alice Wallenbergs StiftelseIsaac Newton Institute for Mathematical SciencesDeutsche ForschungsgemeinschaftEuropean CommissionRoyal Society
Mots-clésOptogeneticsContraction (grammar)MyosinBiological systemPhysicsSystems biologySIGNAL (programming language)Energy exchangeAmplitudePositive feedbackBiophysicsMorphogenesisPulse (music)ChemistryComputer scienceBiologyNeuroscienceOpticsBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Local cell contraction pulses play important roles in tissue and cell morphogenesis. Here, we improve a chemo-optogenetic approach and apply it to investigate the signal network that generates these pulses. We use these measurements to derive and parameterize a system of ordinary differential equations describing temporal signal network dynamics. Bifurcation analysis and numerical simulations predict a strong dependence of oscillatory system dynamics on the concentration of GEF-H1, an Lbc-type RhoGEF, which mediates the positive feedback amplification of Rho activity. This prediction is confirmed experimentally via optogenetic tuning of the effective GEF-H1 concentration in individual living cells. Numerical simulations show that pulse amplitude is most sensitive to external inputs into the myosin component at low GEF-H1 concentrations and that the spatial pulse width is dependent on GEF-H1 diffusion. Our study offers a theoretical framework to explain the emergence of local cell contraction pulses and their modulation by biochemical and mechanical signals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,027
Score d'incertitude au seuil0,676

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,284
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations65
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueCell ReportsMême sujetPhotoreceptor and optogenetics researchTravaux en français237 207