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Enregistrement W3109185057 · doi:10.3390/microorganisms8121928

Detection of Viral −RNA and +RNA Strands in Enterovirus-Infected Cells and Tissues

2020· article· en· W3109185057 sur OpenAlexaff
Sami Salmikangas, Jutta E. Laiho, Kerttu Kalander, Mira Laajala, Anni Honkimaa, Iryna Shanina, Sami Oikarinen, Marc S. Horwitz, Heikki Hyöty, Varpu Marjomäki

Notice bibliographique

RevueMicroorganisms · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueViral Infections and Immunology Research
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesPäivikki ja Sakari Sohlbergin SäätiöAcademy of FinlandJane ja Aatos Erkon SäätiöYrjö Jahnssonin Säätiö
Mots-clésRNABDNA testVirologyEnterovirusBiologyViral replicationIn situ hybridizationNuclease protection assayRNA silencingTranslation (biology)VirusMolecular biologyNon-coding RNAMessenger RNAViral loadGeneticsGeneRNA interference

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The current methods to study the distribution and dynamics of viral RNA molecules inside infected cells are not ideal, as electron microscopy and immunohistochemistry can only detect mature virions, and quantitative real-time PCR does not reveal localized distribution of RNAs. We demonstrated here the branched DNA in situ hybridization (bDNA ISH) technology to study both the amount and location of the emerging -RNA and +RNA during acute and persistent enterovirus infections. According to our results, the replication of the viral RNA started 2-3 h after infection and the translation shortly after at 3-4 h post-infection. The replication hotspots with newly emerging -RNA were located quite centrally in the cell, while the +RNA production and most likely virion assembly took place in the periphery of the cell. We also discovered that the pace of replication of -RNA and +RNA strands was almost identical, and -RNA was absent during antiviral treatments. ViewRNA ISH with our custom probes also showed a good signal during acute and persistent enterovirus infections in cell and mouse models. Considering these results, along with the established bDNA FISH protocol modified by us, the effects of antiviral drugs and the emergence of enterovirus RNAs in general can be studied more effectively.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,036
Score d'incertitude au seuil0,306

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,262
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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