Protein phosphatase 2A, complement component 4, and <i>APOE</i> genotype linked to Alzheimer’s disease using a systems biology approach
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Recent reports suggest that the rare apolipoprotein E ( APOE ) Christchurch mutation and ε2 allele protect against Alzheimer’s disease (AD) pathology by reducing the burden of tau pathology. However, the mechanism(s) underlying the ε2 protective effect linking to tau is largely unknown. Methods The role of the ε2 allele in Alzheimer’s disease (AD) was investigated a genome-wide association study (GWAS) for AD among 2,120 ε2 carriers from the Alzheimer Disease Genetics Consortium (ADGC), and then prioritized by gene network analysis, differential gene expression analysis at tissue- and cell-levels as well as methylation profiling of CpG sites, in prefrontal cortex tissue from 761 brains of the Religious Orders Study and Memory and Aging Project (ROSMAP) and the Framingham Heart Study (FHS), Boston University Alzheimer’s Disease Center (BUADC). The levels of two catalytic subunit proteins from protein phosphatase 2A (PPP2CA and PPP2CB) were validated in prefrontal cortex area of 193 of the FHS/BUADC brains. The findings from human autopsied brains were further validated by a co-culture experiment of human isogenic APOE induced pluripotent stem cell (iPSC) derived neurons and astrocytes. Results Of the significantly associated loci with AD among APOE ε2 carriers (P<10 −6 ), PPP2CB (P=1.1×10 −7 ) was the key node in the APOE ε2 - related gene network and contained the most significant CpG site (P=7.3×10 −4 ) located 2,814 base pair upstream of the top-ranked GWAS variant. Among APOE ε3/ε4 subjects, the level of Aβ 42 was negatively correlated with protein levels of PPP2CA (P=9.9×10 −3 ) and PPP2CB (P=2.4×10 −3 ), and PPP2CA level was correlated with the level of pTau231 level (P=5.3×10 −3 ). Significant correlations were also observed for PPP2CB with complement 4B (C4B) protein levels (P=3.3×10 −7 ) and PPP2CA with cross reactive protein (CRP) levels (P=6.4×10 −4 ). C1q level was not associated with Aβ 42 , pTau231, PPP2CB, or C4B levels. We confirmed the significant correlation of PPP2CB expression with pTau231/tTau ratio (P=0.01) and C4A/B (P=2.0×10 −4 ) expression observed in brain tissue in a co-culture experiment of iPSC derived neurons and astrocytes. Conclusion We demonstrated for the first time a molecular link between a tau phosphatase and the classical complement pathway, especially C4, and AD-related tau pathology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».