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Enregistrement W3109560213 · doi:10.1038/s41436-020-01027-3

An autosomal dominant neurological disorder caused by de novo variants in FAR1 resulting in uncontrolled synthesis of ether lipids

2020· article· en· W3109560213 sur OpenAlexaff
Sacha Ferdinandusse, Kirsty McWalter, Heleen te Brinke, Lodewijk IJlst, Petra M. Mooijer, Jos P.N. Ruiter, A. E. M. van Lint, Mia L. Pras‐Raves, Eric Wever, Francisca Millan, María J. Guillen Sacoto, Amber Begtrup, Mark A. Tarnopolsky, Lauren Brady, Roger L. Ladda, Susan L. Sell, C. Nowak, Jessica Douglas, Cuixia Tian, Elizabeth Ulm, Seth J. Perlman, Arlene V. Drack, Karen Chong, Nicole Martin, Jennifer Brault, Elly Brokamp, Camilo Toro, William A. Gahl, Ellen F. Macnamara, Lynne A. Wolfe, Mercedes E. Alejandro, Mahshid S. Azamian, Carlos A. Bacino, Ashok Balasubramanyam, Lindsay C. Burrage, Hsiao‐Tuan Chao, Gary Clark, William J. Craigen, Hongzheng Dai, Shweta U. Dhar, Lisa Emrick, Alica M. Goldman, Neil A. Hanchard, Fariha Jamal, Lefkothea Karaviti, Seema R. Lalani, Brendan Lee, Richard A. Lewis, Ronit Marom, Paolo Moretti, David R. Murdock, Sarah K. Nicholas, James P. Orengo, Jennifer E. Posey, Lorraine Potocki, Jill A. Rosenfeld, Susan L. Samson, Daryl A. Scott, Alyssa A. Tran, Tiphanie P. Vogel, Michael F. Wangler, Shinya Yamamoto, Christine M. Eng, Pengfei Liu, Patricia A. Ward, Edward M. Behrens, Matthew A. Deardorff, Marni J. Falk, Kelly Hassey, Kathleen Sullivan, Adeline Vanderver, David B. Goldstein, Heidi Cope, Allyn McConkie‐Rosell, Kelly Schoch, Vandana Shashi, Edward C. Smith, Rebecca C. Spillmann, Jennifer A. Sullivan, Queenie K.‐G. Tan, Pankaj B. Agrawal, Alan H. Beggs, Gerard T. Berry, Lauren C. Briere, Laurel A. Cobban, Matthew Coggins, Cynthia M. Cooper, Elizabeth L. Fieg, Frances A. High, Ingrid A. Holm, Susan Korrick, Joel B. Krier, Sharyn A. Lincoln, Joseph Loscalzo, Richard L. Maas, Calum A. MacRae, J. Carl Pallais, Lance H. Rodan, Edwin K. Silverman, Joan M. Stoler, David A. Sweetser, Melissa Walker, Chris A. Walsh, Cecilia Esteves, Emily G. Kelley, Isaac S. Kohane, Kimberly LeBlanc, Alexa T. McCray, Anna Nagy, Surendra Dasari, Brendan C. Lanpher, Ian R. Lanza, Éva Morava, Devin Oglesbee, Güney Bademci, Deborah Barbouth, Stephanie Bivona, Olveen Carrasquillo, Ta Chen Chang, Irman Forghani, Alana Grajewski, Rosario Isasi, Byron Lam, Roy C. Levitt, Xue Zhong Liu, Jacob L. McCauley, Ralph L. Sacco, Mario Saporta, Judy Schaechter, Mustafa Tekin, Fred Telischi, Willa Thorson, Stephan Züchner, Heather A. Colley, Jyoti G. Dayal, David J. Eckstein, Laurie C. Findley, Donna M. Krasnewich, Laura A. Mamounas, Teri A. Manolio, John J. Mulvihill, Grace L. LaMoure, Madison P. Goldrich, Tiina K. Urv, Argenia L. Doss, Maria T. Acosta, Carsten Bonnenmann, Precilla D’Souza, David D. Draper, Carlos R. Ferreira, Rena A. Godfrey, Catherine Groden, Valerie V. Maduro, Thomas C. Markello, Avi Nath, Donna Novacic, Barbara N. Pusey, Colleen E. Wahl, Eva H. Baker, Elizabeth A. Burke, David R. Adams, May Christine V. Malicdan, Cynthia J. Tifft, John Yang, Bradley Power, Bernadette R. Gochuico, Laryssa A. Huryn, Lea Latham, Joie Davis, Deborah Mosbrook-Davis, Francis Rossignol, Ben Solomon, John MacDowall, Audrey Thurm, Wadih M. Zein, Muhammad Yousef, Margaret P Adam, Laura M. Amendola, Michael Bamshad, Anita E. Beck, Jimmy Bennett, Beverly Berg-Rood, Elizabeth Blue, Brenna Boyd, Peter H. Byers, Sirisak Chanprasert, Michael L. Cunningham, Katrina M. Dipple, Daniel Doherty, Dawn Earl, Ian A. Glass, Katie Golden‐Grant, Sihoun Hahn, Anne Hing, Fuki M. Hisama, Martha Horike‐Pyne, Gail P. Jarvik, Jeffrey G. Jarvik, Suman Jayadev, Christina Lam, Kenneth R. Maravilla, Heather Mefford, J. Lawrence Merritt, Ghayda Mirzaa, Deborah A. Nickerson, Wendy H. Raskind, Natalie Rosenwasser, C. Ron Scott, Angela Sun, Virginia P. Sybert, Stephanie E Wallace, Mark H. Wener, Tara Wenger, Euan A. Ashley, Gill Bejerano, Jonathan A. Bernstein, Devon Bonner, Terra R. Coakley, Liliana Fernández, Paul G. Fisher, Laure Frésard, Jason Hom, Yong Huang, Jennefer N. Kohler, Elijah Kravets, Marta M. Majcherska, Beth A. Martin, Shruti Marwaha, Colleen E. McCormack, Archana N. Raja, Chloe M. Reuter, Maura Ruzhnikov, Jacinda B. Sampson, Kevin S. Smith, Shirley Sutton, Holly K. Tabor, Brianna M. Tucker, Matthew T. Wheeler, Diane B. Zastrow, Chunli Zhao, William E. Byrd, Andrew B. Crouse, Matthew Might, Mariko Nakano‐Okuno, Jordan Whitlock, Gabrielle Brown, Manish J. Butte, Esteban C. Dell’Angelica, Naghmeh Dorrani, Emilie D. Douine, Brent L. Fogel, Irma Gutierrez, Alden Huang, Deborah Krakow, Hane Lee, Sandra K. Loo, Bryan C. Mak, Martín G. Martín, Julián A. Martínez-Agosto, Elisabeth McGee, Stanley F. Nelson, Shirley Nieves‐Rodriguez, Christina G.S. Palmer, Jeanette C. Papp, Neil H. Parker, Genecee Renteria, Rebecca Signer, Janet S. Sinsheimer, Jijun Wan, Lee-kai Wang, Katherine Wesseling Perry, Jeremy D. Woods, Justin Alvey, Ashley Andrews, Jim Bale, John F. Bohnsack, Lorenzo D. Botto, John C. Carey, Laura Pace, Nicola Longo, Gábor Marth, Aaron R. Quinlan, Matt Velinder, Dave Viskochil, Pınar Bayrak‐Toydemir, Rong Mao, Monte Westerfield, Anna Bican, Laura Duncan, Rizwan Hamid, J. Phillip Kennedy, Mary Kozuira, John H. Newman, Lynette Rives, Amy K. Robertson, Emily Solem, Joy D. Cogan, F. Sessions Cole, Nichole Hayes, Dana Kiley, Kathy Sisco, Jennifer Wambach, Daniel Wegner, Dustin Baldridge, Stephen Pak, Timothy Schedl, Jimann Shin, Lilianna Solnica‐Krezel, Quinten Waisfisz, Petra Zwijnenburg, Alban Ziegler, Magalie Barth, Rosemarie Smith, Sara Ellingwood, Deborah Gaebler‐Spira, Somayeh Bakhtiari, Michael C. Kruer, Antoine H. C. van Kampen, Ronald J. A. Wanders, Hans R. Waterham, David Cassiman, Frédéric M. Vaz

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueHereditary Neurological Disorders
Établissements canadiensMount Sinai HospitalMcMaster UniversityMcMaster Children's Hospital
Organismes subventionnairesCommon FundNational Institutes of HealthNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Human Genome Research InstituteAmsterdam University Medical Centers
Mots-clésPlasmalogenHypotoniaSpasticRetinitis pigmentosaMedicineBiologyInternal medicineEndocrinologyGeneBiochemistryCerebral palsyPhospholipid

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: In this study we investigate the disease etiology in 12 patients with de novo variants in FAR1 all resulting in an amino acid change at position 480 (p.Arg480Cys/His/Leu). METHODS: Following next-generation sequencing and clinical phenotyping, functional characterization was performed in patients' fibroblasts using FAR1 enzyme analysis, FAR1 immunoblotting/immunofluorescence, and lipidomics. RESULTS: All patients had spastic paraparesis and bilateral congenital/juvenile cataracts, in most combined with speech and gross motor developmental delay and truncal hypotonia. FAR1 deficiency caused by biallelic variants results in defective ether lipid synthesis and plasmalogen deficiency. In contrast, patients' fibroblasts with the de novo FAR1 variants showed elevated plasmalogen levels. Further functional studies in fibroblasts showed that these variants cause a disruption of the plasmalogen-dependent feedback regulation of FAR1 protein levels leading to uncontrolled ether lipid production. CONCLUSION: Heterozygous de novo variants affecting the Arg480 residue of FAR1 lead to an autosomal dominant disorder with a different disease mechanism than that of recessive FAR1 deficiency and a diametrically opposed biochemical phenotype. Our findings show that for patients with spastic paraparesis and bilateral cataracts, FAR1 should be considered as a candidate gene and added to gene panels for hereditary spastic paraplegia, cerebral palsy, and juvenile cataracts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,013
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,793
Score d'incertitude au seuil0,996

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,013
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations49
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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