Investigating the Effects of Genetic Background on the Fitness of Quinolone Resistance Mutations in Escherichia Coli
Notice bibliographique
Résumé
Antimicrobial resistance (AMR) is one of the largest threats to public health and puts a serious strain on healthcare systems around the world.Many first line antibiotics can no longer be used to fight infections due to increased resistance.The fitness of AMR strains of bacteria is determined in part by epistasis, whereby resistance mutations may have different effects on different genetic backgrounds.Thus, the objective of this research is to investigate the effects of genotype on the fitness of AMR.Using genetic techniques in E. coli, quinolone resistance alleles of the gyrA gene (S83L, D87N, and a combination of S83L-D87N) were transferred into a collection of knockout strains, resulting in approximately 12 000 double-mutants.Genetic interactions that affected fitness, both positively and negatively, were common and a variety of synthetic lethal/sick interactions were found.A number of the genes lethal with gyrA mutations were involved in DNA synthesis, repair, and replication, much like gyrA itself.Using strains that were able to conditionally express the knocked out genes, yield and growth curves were examined over a 24 hour period to validate the synthetic lethal interactions.Results varied for each strain -of 33 strains assayed, 21 showed a deficit in at least one fitness-related phenotype.Overall, more work should be done to further examine these putative synthetic lethal interactions.Once done, looking at all these genetic interactions will help to untangle the functionality of certain genes and, in the context of AMR, identification of synthetic lethal interactions of AMR mutations may lead to drug targets that can specifically kill resistant bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».