Quality assessment of RNA in long-term storage: The All Our Families biorepository
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The All Our Families (AOF) cohort study is a longitudinal population-based study which collected biological samples from 1948 pregnant women between May 2008 and December 2010. As the quality of samples can decline over time, the objective of the current study was to assess the association between storage time and RNA (ribonucleic acid) yield and purity, and confirm the quality of these samples after 7-10 years in long-term storage. METHODS: Maternal whole blood samples were previously collected by trained phlebotomists and stored in four separate PAXgene Blood RNA Tubes (PreAnalytiX) between 2008 and 2011. RNA was isolated in 2011 and 2018 using PAXgene Blood RNA Kits (PreAnalytiX) as per the manufacturer's instruction. RNA purity (260/280), as well as RNA yield, were measured using a Nanodrop. The RNA integrity number (RIN) was also assessed from 5-25 and 111-130 months of storage using RNA 6000 Nano Kit and Agilent 2100 BioAnalyzer. Descriptive statistics, paired t-test, and response feature analysis using linear regression were used to assess the association between various predictor variables and quality of the RNA isolated. RESULTS: Overall, RNA purity and yield of the samples did not decline over time. RNA purity of samples isolated in 2011 (2.08, 95% CI: 2.08-2.09) were statistically lower (p<0.000) than samples isolated in 2018 (2.101, 95% CI: 2.097, 2.104), and there was no statistical difference between the 2011 (13.08 μg /tube, 95% CI: 12.27-13.89) and 2018 (12.64 μg /tube, 95% CI: 11.83-13.46) RNA yield (p = 0.2964). For every month of storage, the change in RNA purity is -0.01(260/280), and the change in RNA yield between 2011 and 2018 is -0.90 μ g / tube. The mean RIN was 8.49 (95% CI:8.44-8.54), and it ranged from 7.2 to 9.5. The rate of change in expected RIN per month of storage is 0.003 (95% CI 0.002-0.004), so while statistically significant, these results are not relevant. CONCLUSIONS: RNA quality does not decrease over time, and the methods used to collect and store samples, within a population-based study are robust to inherent operational factors which may degrade sample quality over time.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,026 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».