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Enregistrement W3110530632 · doi:10.1371/journal.pone.0242019

Plasma and urine metabolomic analyses in aortic valve stenosis reveal shared and biofluid-specific changes in metabolite levels

2020· article· en· W3110530632 sur OpenAlexaff
Cynthia Al Hageh, Ryan Rahy, Georges Khazen, François Brial, Rony S. Khnayzer, Dominique Gauguier, Pierre Zalloua

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensMcGill University and Génome Québec Innovation Centre
Organismes subventionnairesEuropean CommissionLebanese American University
Mots-clésMetabolomicsMetaboliteUrinePalmitic acidChemistryPopulationInternal medicineMedicineFatty acidChromatographyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aortic valve stenosis (AVS) is a prevalent condition among the elderly population that eventually requires aortic valve replacement. The lack of reliable biomarkers for AVS poses a challenge for its early diagnosis and the application of preventive measures. Untargeted gas chromatography mass spectrometry (GC-MS) metabolomics was applied in 46 AVS cases and 46 controls to identify plasma and urine metabolites underlying AVS risk. Multivariate data analyses were performed on pre-processed data (e.g. spectral peak alignment), in order to detect changes in metabolite levels in AVS patients and to evaluate their performance in group separation and sensitivity of AVS prediction, followed by regression analyses to test for their association with AVS. Through untargeted analysis of 190 urine and 130 plasma features that could be detected and quantified in the GC-MS spectra, we identified contrasting levels of 22 urine and 21 plasma features between AVS patients and control subjects. Following metabolite assignment, we observed significant changes in the concentration of known metabolites in urine (n = 14) and plasma (n = 15) that distinguish the metabolomic profiles of AVS patients from healthy controls. Associations with AVS were replicated in both plasma and urine for about half of these metabolites. Among these, 2-Oxovaleric acid, elaidic acid, myristic acid, palmitic acid, estrone, myo-inositol showed contrasting trends of regulation in the two biofluids. Only trans-Aconitic acid and 2,4-Di-tert-butylphenol showed consistent patterns of regulation in both plasma and urine. These results illustrate the power of metabolomics in identifying potential disease-associated biomarkers and provide a foundation for further studies towards early diagnostic applications in severe heart conditions that may prevent surgery in the elderly.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,100
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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