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Enregistrement W3110620563 · doi:10.1101/2020.11.29.20240028

Evaluation of the PREDIGT Score in Discriminating Parkinson Disease from Neurological Health

2020· preprint· en· W3110620563 sur OpenAlexafffundabout
Juan Li, Tiago Mestre, Brit Mollenhauer, Mark Frasier, Julianna J. Tomlinson, Claudia Trenkwalder, Tim Ramsay, Douglas G. Manuel, Michael G. Schlossmacher

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueParkinson's Disease Mechanisms and Treatments
Établissements canadiensOttawa HospitalUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesParkinson CanadaOttawa Hospital FoundationDeutsche Parkinson VereinigungMichael J. Fox Foundation for Parkinson's Research
Mots-clésParkinson's diseaseInternal medicineCohortMedicineDiseaseIncidence (geometry)Discriminative modelArea under the curveMachine learning

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background We previously created the PREDIGT Score as an algorithm to predict the incidence of Parkinson disease. The model rests on a hypothesis-driven formula, [P R =(E+D+I)xGxT], that uses numerical values for five categories known to modulate Parkinson’s risk (P R ): environmental exposure (E); DNA variants (D); evidence of gene-environment interactions (I); gender (G); and time (T). Notably, the formula does not rely on motor examination results. Methods To evaluate the PREDIGT Score, we tested it in two established case-control cohorts: ‘De Novo Parkinson Study’ (DeNoPa) and ‘Parkinson’s Progression Marker Initiative’ (PPMI). Using baseline data from 589 patients and 309 controls enrolled in the DeNoPa and PPMI cohorts, we evaluated the PREDIGT Score’s discriminative performance in distinguishing Parkinson’s patients from healthy controls by area-under-the-curve (AUC) analyses. Findings When examining cohorts separately and using all available variables in each cohort to calculate the PREDIGT Score, AUCs were 0.83 (95% CI 0.77-0.89) for DeNoPa and 0.87 (95% CI 0.84-0.9) for PPMI, respectively, in distinguishing Parkinson disease patients from healthy individuals. When combining DeNoPa and PPMI data sets by using eleven variables that had been collected in both cohorts, the PREDIGT Score discriminated patients from controls with an AUC of 0.84 (95% CI 0.81-0.87). The mean score of Parkinson disease patients was significantly higher than that of control individuals at 108.48 (+52.08) and 47.33 (+34.1), respectively (p < 0.0001). Interpretation Our results demonstrate a robust performance of the original PREDIGT Score in distinguishing patients diagnosed with Parkinson disease from neurologically healthy subjects without reliance on motor examination data. In future efforts, the predictive performance of the algorithm will be studied in longitudinal cohorts of at-risk persons. Funding Parkinson Canada, Michael J. Fox Foundation, Department of Medicine (The Ottawa Hospital), Uttra & Subash Bhargava Family, Paracelsus-Elena-Klinik Kassel, Parkinson Fond Deutschland, and Deutsche Parkinson Vereinigung.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,022
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,049

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,022
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0040,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,115
Tête enseignante GPT0,342
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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