PSX-39 Late-Breaking Abstract: Characterization of epigenetic and transcriptional landscape in heat stressed rats using ATAC-seq and RNA-seq
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Understanding animal physiology and identifying reliable biomarkers may help to establish effective management strategies for the prevention of heat stress (HS). However, little is known about the molecular mechanism of mammal tolerance to high temperatures. In a previous study with Sprague-Dawley rats, we performed RNA-seq assays on the liver of rats in control (CT; 22 ℃, n = 5) and heat stress (HS120; 42 ℃ for 120 min, n = 5) groups. A total of 3,909 differential expression genes (DEGs, Q < 0.05) were observed. This study was conducted to further examine the epigenetic landscape in the liver of rats under HS and identify transcription factors (TFs), as well as their regulated genes. Three liver tissues were selected from the RNA-seq samples and performed an Assay for Transpose Accessible Chromatin (ATAC-seq). Peaks meeting criteria of P< 0.05 and |Fold Change| >1.5 were considered as differential peaks. All ATAC-seq libraries generated an expected distribution of the insert fragment lengths, with the majority of fragments being small, which characterize inter-nucleosomal open chromatin, and progressively fewer fragments of larger size, which are spanning nucleosomes. The accessibility of transcriptional start sites (TSS) was significantly enriched. After merging data, 2,356 differential peaks showed CT having more accessible TSS than H120 and only 230 differential peaks showed H120 group having more accessible TSS than CT. Thirty-six and 22 TF motifs were predicted by up- and down-regulated differential peaks in H120 vs. CT. Together with the previous DEG results, we proposed candidate TFs annotated to Cebpa, Foxa4, and Sp3 DEGs, which are involved in the regulation of oxidative stress. In summary, we showed that nuclear chromatin in the liver of heat stressed rats was less open than that of control rats. We suggest that the TFs (Cebpa, Foxa4, and Sp3) may be involved in the physiological regulation of HS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».