Genome-wide identification and expression analysis of NRAMP transporter genes in <i>Cucumis sativus</i> and <i>Citrullus lanatus</i>
Notice bibliographique
Résumé
Natural resistance-associated macrophage proteins (NRAMPs) are able to transport various metal ions across cell membranes, which play an important role in plant growth and development. Here, a survey of cucumber (Cucumis sativus L.) and watermelon [Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai] genomes found a total of five CsNRAMPs and four ClNRAMPs, respectively. Based on the phylogenetic relationships, CsNRAMPs and ClNRAMPs were clustered into three groups (I, II, and III). Five orthologous pairs were identified between cucumber and watermelon genome, and they were clustered on the same branch of the phylogenetic tree. The number of introns in CsNRAMPs and ClNRAMPs ranged from 3 to 13 and the genes from group I were more fragmented than those in group II. Subsequently, analysis of promoter sequences found that five putative transcription factors could act on NRAMPs. Moreover, CsNRAMPs and ClNRAMPs were differentially regulated by deficiencies of iron (Fe), manganese (Mn), copper (Cu), or zinc (Zn), along with toxicities of Fe, Mn, Cu, Zn, or cadmium (Cd). Functional analysis by heterologous expression in yeast indicated that CsNRAMP4 and ClNRAMP3 participate in Cd transport. Overall, the comprehensive analysis of CsNRAMPs and ClNRAMPs reported herein may pave the way for further investigations examining the regulation and functions of this gene family in cucumber and watermelon.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».