Combinatorial nanodot stripe assay to systematically study cell haptotaxis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Haptotaxis is critical to cell guidance and development and has been studied in vitro using either gradients or stripe assays that present a binary choice between full and zero coverage of a protein cue. However, stripes offer only a choice between extremes, while for gradients, cell receptor saturation, migration history, and directional persistence confound the interpretation of cellular responses. Here, we introduce nanodot stripe assays (NSAs) formed by adjacent stripes of nanodot arrays with different surface coverage. Twenty-one pairwise combinations were designed using 0, 1, 3, 10, 30, 44 and 100% stripes and were patterned with 200 × 200, 400 × 400 or 800 × 800 nm 2 nanodots. We studied the migration choices of C2C12 myoblasts that express neogenin on NSAs (and three-step gradients) of netrin-1. The reference surface between the nanodots was backfilled with a mixture of polyethylene glycol and poly- d -lysine to minimize nonspecific cell response. Unexpectedly, cell response was independent of nanodot size. Relative to a 0% stripe, cells increasingly chose the high-density stripe with up to ~90% of cells on stripes with 10% coverage and higher. Cell preference for higher vs. lower netrin-1 coverage was observed only for coverage ratios >2.3, with cell preference plateauing at ~80% for ratios ≥4. The combinatorial NSA enables quantitative studies of cell haptotaxis over the full range of surface coverages and ratios and provides a means to elucidate haptotactic mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».