The <i>Escherichia coli</i> FadR transcription factor: Too much of a good thing?
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli FadR is a transcription factor regulated by acyl-CoA thioester binding that optimizes fatty acid (FA) metabolism in response to environmental FAs. FadR represses the fad genes of FA degradation (β-oxidation) and activates the fab genes of FA synthesis thereby allowing E. coli to have its cake (acyl chains for phospholipid synthesis) and eat it (degrade acyl chains to acetyl-CoA). Acyl-CoA binding of FadR derepresses the transcription of the fad genes and cancels fab gene transcriptional activation. Activation of fab genes was thought restricted to the fabA and fabB genes of unsaturated FA synthesis, but FadR overproduction markedly increases yields of all FA acyl chains. Subsequently, almost all of the remaining fab genes were shown to be transcriptionally activated by FadR binding, but binding was very weak. Why are the low-affinity sites retained? What effects on cell physiology would result from their conversion to high-affinity sites (thereby mimicking FadR overproduction)? Investigations of E. coli cell size determinants showed that FA synthesis primarily determines E. coli cell size. Upon modest induction of FadR, cell size increases, but at the cost of growth rate and accumulation of intracellular membranes. Greater induction resulted in further growth rate decreases and abnormal cells. Hence, too much FadR is bad. FadR is extraordinarily conserved in γ-proteobacteria but has migrated. Mycobacterium tuberculosis encodes FadR orthologs one of which is functional in E. coli. Strikingly, the FadR theme of acyl-CoA-dependent transcriptional regulation is found in a different transcription factor family where two Bacillus species plus bacterial and archaeal thermophiles contain related proteins of similar function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».