Genetic associations in Alzheimer’s disease: A systematic review and meta‐analysis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Elucidation of genetic associations underlying Alzheimer’s Disease (AD) pathogenesis and progression is of prime importance in early diagnosis and drug discovery. Despite existence of innumerable studies to comprehend the genetic hallmarks of AD, inconsistencies amongst the studies in ascertaining specific genes involved in AD risk prompted this Systematic Review and Meta‐analysis. Method The review protocol was registered in Prospero (CRD42019127482). AD related Boolean search strategy was generated to retrieve case‐control studies evaluating genetic associations in AD patients from Pubmed/MEDLINE, Cochrane library, Proquest, Europe PMC, Grey literature, HuGE navigator, Latin American and Carribean Health Sciences literature published till March‐2019. Case‐control studies that defined AD diagnosis through standard diagnostic criteria were included. Preclinical and in‐silico studies were excluded. The shortlisted studies were critically appraised through New Castle Ottawa Scale (NOS) and Q‐Genie tool and the resultant data was extracted. Meta‐analysis was performed for Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) that were reported to be replicated in two different ethnicities by at‐least two studies through random effects model using Revman 5.3. Publication bias was assessed using Egger’s test, funnel plot, Begg and Mazumdar rank correlation test. Later, Interim Venice assessment and sensitivity analysis were executed to evaluate the credibility and versatility of the selected studies respectively. Result Among 352 285 studies retrieved, only 793 studies that met the eligibility criteria were critically appraised. This ultimately resulted in 118 studies for systematic review out of which, 23 SNPs corresponding to 15 genes were prioritized for meta‐analysis. The following SNPs were found to be significantly associated with AD risk: rs3865444 (CD33) (p = 0.04; I2 = 40%; OR [CI] = 0.88 [0.78‐0.99]), rs7561528 (BIN1) (p = 0.03; I2 = 46%; OR [CI] = 0.86 [0.76‐0.98]) and rs1801133 (MTHFR) (p = 0.007; I2 = 18%; OR [CI] = 0.73 [0.61‐0.88]). Interim Venice criteria revealed moderate credibility for seven SNPs and weak credibility for 16 SNPs. Further, sensitivity analysis confirmed the versatility of the selected studies. Conclusion Our findings acknowledged significant associations of three SNPs: rs3865444, rs7561528 and rs1801133 with Alzheimer’s risk. This evidence has to be replicated further to substantiate the role of aforesaid SNPs in AD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,019 | 0,037 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,019 | 0,036 |
| Bibliométrie | 0,011 | 0,013 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».