Amyloid precursor protein (APP) knock‐in mouse model recapitulates transciptomic signature in human late‐onset Alzheimer’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Over the years, improved rodent models have been generated aiming at recapitulating Alzheimer’s disease (AD) phenotype. However, the majority of these models harbor pathological mutations that are present in early‐onset AD, which represents only 5% of all cases. On the other hand, new models aiming at recapitulating late‐onset AD (LOAD) are of great interest. In this context, the knock‐in mouse model (hAβ‐KI line), in which murine amyloid precursor protein (APP) gene was humanized at the Aβ locus, was recently introduced as a potential LOAD model. Here, compare hippocampal transcriptomic profiles of human LOAD individuals and hAβ‐KI mouse model. We hypothesized that hippocampal transcriptomic profile of hAβ‐KI mouse model will be similar to the human LOAD. Method Publicly available human AD/cognitively unimpaired (CU) transcriptomic profiles of hippocampus were collected from GEO ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ), merged and submitted to differential expression analysis and master regulator analysis (MRA) using R. RNAseq expression profile of hAβ‐KI mouse model was obtained at the AMP‐AD Knowledge Portal ( https://www.synapse.org/ ) and also submitted to differential expression analysis and MRA. Result We observed that the hippocampus of human LOAD individuals and hAβ‐KI mice model share over 100 differentially expressed genes (DEGs). Functional enrichment of Gene Ontology terms using these genes revealed several biological processes such as gliogenesis, glial cell differentiation, axon development and ensheathment of neurons. We also found shared transcription factors between human LOAD individuals and the hAβ‐KI mice model (Figure 1). Conclusion The novel hAβ‐KI mice, which expresses an humanized APP, has been proposed as a better model to mimic sporadic LOAD. Our early findings indicate that at the transcriptomic level the hAβ‐KI mice presents molecular alterations compatible to human LOAD condition. Thus, studies using this model may reveal important insights to understanding sporadic LOAD and lead to better translational concordance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».