Molecular patterns of isolated tubulitis differ from tubulitis with interstitial inflammation in early indication biopsies of kidney allografts
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Banff 2019 kidney allograft pathology update excluded isolated tubulitis without interstitial inflammation (ISO-T) from the category of borderline (suspicious) for acute T cell-mediated rejection due to its proposed benign clinical outcome. In this study, we explored the molecular assessment of ISO-T. ISO-T or interstitial inflammation with tubulitis (I + T) was diagnosed in indication biopsies within the first 14 postoperative days. The molecular phenotype of ISO-T was compared to I + T either by using RNA sequencing (n = 16) or by Molecular Microscope Diagnostic System (MMDx, n = 51). RNA sequencing showed lower expression of genes related to interferon-y (p = 1.5 *10–16), cytokine signaling (p = 2.1 *10–20) and inflammatory response (p = 1.0*10–13) in the ISO-T group than in I + T group. Transcripts with increased expression in the I + T group overlapped significantly with previously described pathogenesis-based transcript sets associated with cytotoxic and effector T cell transcripts, and with T cell-mediated rejection (TCMR). MMDx classified 25/32 (78%) ISO-T biopsies and 12/19 (63%) I + T biopsies as no-rejection. ISO-T had significantly lower MMDx scores for interstitial inflammation (p = 0.014), tubulitis (p = 0.035) and TCMR (p = 0.016) compared to I + T. Fewer molecular signals of inflammation in isolated tubulitis suggest that this is also a benign phenotype on a molecular level.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».