The Caribbean‐Hispanic Alzheimer’s brain transcriptome reveals ancestry‐specific disease mechanisms
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Ethnicity substantially impacts risk for Alzheimer’s disease, with elevated risk in Caribbean‐Hispanics (CH). However, the mechanisms of this population‐specific risk are unknown. Here we report the first transcriptomic analysis of brain tissue from a population of CH Alzheimer's disease (AD) patients. Method RNA sequencing was performed on postmortem dorsolateral prefrontal cortex tissue from A) 38 genetically‐confirmed CH subjects (nAD = 20, nnon‐AD = 18), and B) 596 non‐Hispanic Caucasians (nAD = 359, nnon‐AD = 238). Robust regression was used to identify AD‐associated genes in both samples and transcriptome‐wide results were compared to identify genes with concordant vs. discordant associations. Result In CH, 893/17 301 genes were associated with AD status. Of these 893 genes, 107 were also significantly associated with AD in Caucasians after correction (all but 2 with the same direction of effect). Genome‐wide, association t‐statistics were positively correlated between samples (rho = 0.37). Rank‐based gene ontology enrichment analysis revealed several processes discordantly (signal recognition particle (SRP)‐dependent protein targeting and cell killing) and concordantly (neurotransmitter secretion) associated with AD between populations. Conclusion The CH‐specific upregulation of SRP‐related genes in AD suggests unique etiopathogenic mechanisms in this population and links to the P.gingivalis hypothesis of AD. This is the first step toward identifying AD‐related disease mechanisms in CH as we have identified target genes and pathways for further investigation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».