Genomic and clinical characteristics of <i>MET</i> exon14 alterations in a large cohort of Chinese cancer patients revealed distinct features and a novel resistance mechanism for crizotinib
Notice bibliographique
Résumé
Background: Alterations in MET exon 14 (METex14) and its flanking intronic regions have been identified in a variety of cancers.Patients with METex14 alterations often benefit from MET inhibitors such as crizotinib.Given the unique mutation profiles of Chinese lung cancer patients, it is necessary to investigate the prevalence of METex14 alterations in a large cohort of cancer patients.Patients and methods: Cases carrying METex14 alterations were screened from 26,391 Chinese cancer patients by next-generation sequencing (NGS), and the clinicopathologic and molecular characteristics were reviewed.Results: Compared to Western population (~3%), the frequency of METex14 alterations is much lower in Chinese cancer patients (0.7%, n=184) and lung cancer patients (1.1%, n=175).Seventy-eight distinct METex14 alterations, including several novel alteration types were detected.Concurrent MET copy gain and non-exon14 MET mutations were also found.EGFR copy gain (11%) and mutations (8%), KRAS (5%) and PIK3CA (5%), appeared in a mutually exclusive pattern.Female patients contain much less TP53 mutations than male patients (65% vs. 24%, FDR = 0.01).Co-amplification of CDK4 and MDM2, CDK6 and EGFR were identified, which indicated cell cycle dysregulation and EGFR alteration are important co-occurring features in patients with METex 14 alteration.Of 9 tissue specimens having PD-L1 immunohistochemistry (IHC) results, 5 of them (55.5%) were found PD-L1 positive, which is comparable to other types of tumor.In 14 crizotinib-treated patients, the median progression free survival (mPFS) was 7 months.Upon resistance to crizotinib, two patients acquired secondary mutations in MET and one patient acquired BRAF p.K601E that can be a novel resistance mechanism.Conclusion: Chinese cancer patients have a relatively lower frequency of METex14 alterations compared to Western patients.Patients with METex14 alterations showed distinct molecular characteristics and the representative case study showed responses to MET tyrosine kinase inhibitor (TKI).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».