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Enregistrement W3111826093 · doi:10.1101/2020.12.04.20244046

A Comprehensive Epithelial Tubo-Ovarian Cancer Risk Prediction Model Incorporating Genetic and Epidemiological Risk Factors

2020· preprint· en· W3111826093 sur OpenAlexfundno aff
Andrew Lee, Xin Yang, Jonathan P. Tyrer, Aleksandra Gentry‐Maharaj, Andy Ryan, Nasim Mavaddat, Alex Cunningham, Tim Carver, Stephanie Archer, Goska Leslie, Jatinderpal Kalsi, Faiza Gaba, Ranjit Manchanda, Simon A. Gayther, Susan J. Ramus, Fiona M Walter, Marc Tischkowitz, Ian Jacobs, Usha Menon, Douglas F. Easton, Paul D.P. Pharoah, Antonis C. Antoniou

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOvarian cancer diagnosis and treatment
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilEuropean CommissionUniversity College LondonCancer Research UKGovernment of CanadaFondation du cancer du sein du QuébecCanadian Institutes of Health ResearchNational Institute for Health and Care ResearchGenome Canada
Mots-clésEpidemiologyMedicineOncologyOvarian cancerPercentileRelative riskRisk assessmentEpithelial ovarian cancerPopulationInternal medicineGenetic epidemiologyPolygenic risk scoreGenetic modelDemographyGynecologyCancerEnvironmental healthBiologyStatisticsGeneticsConfidence intervalGenotypeGeneComputer scienceSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Epithelial tubo-ovarian cancer (EOC) has high mortality partly due to late diagnosis. Prevention is available but may be associated with adverse effects. A multifactorial risk model based on known genetic and epidemiological risk factors (RFs) for EOC can help identify females at higher risk who could benefit from targeted screening and prevention. Methods We developed a multifactorial EOC risk model for females of European ancestry incorporating the effects of pathogenic variants (PVs) in BRCA1, BRCA2, RAD51C, RAD51D and BRIP1 , a polygenic risk score (PRS) of arbitrary size, the effects of RFs and explicit family history (FH) using a synthetic model approach. The PRS, PV and RFs were assumed to act multiplicatively. Results Based on a currently available PRS for EOC that explains 5% of the EOC polygenic variance, the estimated lifetime risks under the multifactorial model in the general population vary from 0.5% to 4.6% for the 1 st to 99 th percentiles of the EOC risk-distribution. The corresponding range for females with an affected first-degree relative is 1.9% to 10.3%. Based on the combined risk distribution, 33% of RAD51D PV carriers are expected to have a lifetime EOC risk of less than 10%. RFs provided the widest distribution, followed by the PRS. In an independent partial model validation, absolute and relative 5-year risks were well-calibrated in quintiles of predicted risk. Conclusion This multifactorial risk model can facilitate stratification, in particular among females with FH of cancer and/or moderate- and high-risk PVs. The model is available via the CanRisk Tool ( www.canrisk.org ).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,183
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,065
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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