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Enregistrement W3111855133 · doi:10.1038/s41525-020-00162-9

Missense variant contribution to USP9X-female syndrome

2020· article· en· W3111855133 sur OpenAlexaff
Lachlan A. Jolly, Euan Parnell, Alison Gardner, Mark Corbett, Luis A. Pérez‐Jurado, Marie Shaw, Gaëtan Lesca, Catherine E. Keegan, Michael C. Schneider, Emily Griffin, Felicitas Maier, Courtney Kiss, Andrea Guerin, Kathleen Crosby, Kenneth N. Rosenbaum, Pranoot Tanpaiboon, Sandra Whalen, Boris Keren, Julie McCarrier, Donald Basel, Simon Sadedin, Susan M. White, Martin B. Delatycki, Tjitske Kleefstra, Sébastien Küry, Alfredo Brusco, Elena Sukarova-Angelovska, Slavica Trajkova, Sehyoun Yoon, Stephen A. Wood, Michael Piper, Peter Penzes, Jozef Gécz

Notice bibliographique

Revuenpj Genomic Medicine · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensKingston General HospitalKingston Health Sciences Centre
Organismes subventionnairesNational Eye InstituteNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Mental HealthMedical Research CouncilMinistero dell’Istruzione, dell’Università e della RicercaSimons Foundation Autism Research InitiativeAgence Nationale de la RechercheDipartimenti di EccellenzaNational Health and Medical Research CouncilBroad Institute
Mots-clésMissense mutationLoss functionGeneticsPhenotypeBiologyPathogenicityGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

USP9X is an X-chromosome gene that escapes X-inactivation. Loss or compromised function of USP9X leads to neurodevelopmental disorders in males and females. While males are impacted primarily by hemizygous partial loss-of-function missense variants, in females de novo heterozygous complete loss-of-function mutations predominate, and give rise to the clinically recognisable USP9X-female syndrome. Here we provide evidence of the contribution of USP9X missense and small in-frame deletion variants in USP9X-female syndrome also. We scrutinise the pathogenicity of eleven such variants, ten of which were novel. Combined application of variant prediction algorithms, protein structure modelling, and assessment under clinically relevant guidelines universally support their pathogenicity. The core phenotype of this cohort overlapped with previous descriptions of USP9X-female syndrome, but exposed heightened variability. Aggregate phenotypic information of 35 currently known females with predicted pathogenic variation in USP9X reaffirms the clinically recognisable USP9X-female syndrome, and highlights major differences when compared to USP9X-male associated neurodevelopmental disorders.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,842
Score d'incertitude au seuil0,562

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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