The development of a valid, reliable, harmonized segmentation protocol for hippocampal subfields and medial temporal lobe cortices: A progress update
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The medial temporal lobe (MTL, i.e. hippocampus and adjacent cortices) is particularly vulnerable to age‐related diseases: Alzheimer’s disease, other age‐related proteinothies (TDP‐43, AGD, etc) and vascular injury. Yet, the subregional pattern of vulnerability is thought to differ across etiologies; characterizing these differences using high‐resolution MRI may provide more insight in disease processes and better biomarkers. However, substantial differences in subfield definition has hindered the ability to compare results across laboratories or draw robust conclusions (Figure 1). The Hippocampal Subfields Group (HSG) is an international group seeking to remedy this problem by developing a histologically‐valid, reliable, and freely available segmentation protocol for high‐resolution T2‐weighted 3T MRI (http://www.hippocampalsubfields.com) Method Our workflow consists of five steps: 1) collecting histology samples labeled by multiple expert neuroanatomists to form a novel reference dataset to guide the development of the MRI segmentation protocol, 2) developing boundary definitions for each segment of the hippocampus, (head, body, and tail) and MTL cortices), 3) assessing HSG community agreement with boundary rules via online questionnaires and revising boundary rules based on questionnaire responses, and 4) testing reliability of the protocol definitions on multiple MRI datasets. Result For both the hippocampal body and head, we have developed a preliminary subfield segmentation protocol (i.e. completed steps 1‐2, see Figure 2 for a histology slice segmented by three anatomists). Step 3 was piloted for the outer boundaries of the body (i.e., the anterior/posterior, medial/lateral, and superior/inferior boundaries) using an online questionnaire describing each of the proposed rules. 29 labs participated and consensus agreement was reached for all rules, with only minor changes being made to improve comprehension and clarity. We are now creating and administering additional questionnaires for assessing agreement of the hippocampal body and head inner boundary rules (e.g., between the CA fields and dentate gyrus). Upon completion of the assessment/revision process for each set of rules, the final phase – reliability testing of the protocol – should begin mid 2020 for the body. Conclusion Once completed, the harmonized protocol will significantly facilitate cross‐study comparisons thus advancing insight in the role of hippocampal subfields across the lifespan in aging and disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,127 | 0,131 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,004 |
| Communication savante | 0,008 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,010 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».