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Enregistrement W3112300384 · doi:10.5197/j.2044-0588.2020.042.021

<i>Retracted</i>: First report of <i>Clonostachys rosea</i> causing root rot of <i>Beta vulgaris</i> in North Dakota, USA

2020· article· en· W3112300384 sur OpenAlexaboutno aff
ME Haque, Most Shanaj Parvin

Dossier post-publication

NatureRetraction
MotifError in Text;Lack of Approval from Company/Institution;
Date6/17/2021 0:00
Signalé par OpenAlex ?Oui

Source : Retraction Watch, jointe par DOI. OpenAlex consigne la rétractation dans is_retracted, un booléen sur un espace d'états à au moins quatre valeurs ; il ne peut donc exprimer ni une expression de préoccupation, ni une correction, ni un rétablissement, et les rapporte comme false, ce qui se lit comme « rien à signaler ».

Notice bibliographique

RevueNew Disease Reports · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Pathogens and Fungal Diseases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyConidiumSugar beetRoot rotPotato dextrose agarHorticultureBotanyGenBankSporePathogenicityAgarMicrobiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In August 2018, sugar beet plants with dull green and chlorotic foliage were observed in Hickson (46.6694°N, 96.8104°W), North Dakota. The taproots were found to have several circular brown to black necrotic lesions (Fig. 1) and the disease incidence was about 5%. Beet roots were washed to remove soil particles, surface-sterilised in a 10% NaOCl solution for 1 minute, and dipped twice in sterile water. Isolations were done on potato dextrose agar (72 hr at 25 ±2°C). All colonies were white and the surface was feathery (Fig. 2). Ten isolates were examined and these consistently had verticillate and penicillate conidiophores (primary and secondary) similar to those illustrated by Afshari & Hemmati (1). Conidia were 6.2 to 9.5 μm × 5.9 to 8.9 μm (Fig. 3). Five pure cultures were prepared by single spore isolation. The morphology of isolates was consistent with Clonostachys rosea (Moreira et al., 3; Sun et al., 5). DNA was extracted from four isolates using a Norgen Biotek Corp. protocol (Canada, Cat.27300). Isolates were confirmed via sequencing (GenScript, Piscataway, USA) using the internal transcribed spacer (ITS1F/ITS4). A BLAST search demonstrated that the 539 bp sequence was 100% identical to C. rosea (GenBank Accession No. KM519669.1). An annotated DNA sequence was deposited into GenBank as MN186772.1. Greenhouse pathogenicity tests were undertaken on sugar beet using the sequenced isolate. Three-week-old C. rosea cultures were mixed with vermiculite and perlite mixer (PRO-MIX FLX, USA) in plastic trays (61 ×38 × 25 cm). For the control treatment no inoculum was added. Sterile water (500 ml/ tray) was added to the mixer to maintain sufficient moisture. Ten seeds of sugar beet cv. Crystal 101 were sown per tray, and the trays replicated thrice with inoculated and control treatments and maintained at 22°C, 75% relative humidity. Plants were watered as needed to maintain adequate soil moisture conducive for plant growth and disease development. After eight weeks, plants were harvested and root rot assessed. Taproots of 16 of the 30 inoculated plants had similar root rot symptoms as described previously (Fig. 4). No disease was observed in control plants. Clonostachys rosea was consistently reisolated from the diseased taproots and its identity confirmed using morphological and molecular methods, thus fulfilling Koch's postulates. Clonostachys rosea has been reported commonly as a mycoparasite or saprotrophic species from soil and various plant materials (Schroers et al., 4). However, there are a few reports of C. rosea causing root rots in soybean in Minnesota (Bienapfl et al., 2) and in faba bean in Iran (Afshari & Hemmati, 2017). To our best knowledge, this is the first report of C. rosea causing root rot of sugar beet in the USA, or worldwide. The authors are thankful to Dr. R. Reeder for his suggestions and technical support.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,016
Score d'incertitude au seuil0,031

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,224
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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