Hybrid Incompatibilities and Transgressive Gene Expression Between Two Closely Related Subspecies of Drosophila
Notice bibliographique
Résumé
Genome-wide assays of expression between species and their hybrids have identified genes that become either over- or underexpressed relative to the parental species (i.e., transgressive). Transgressive expression in hybrids is of interest because it highlights possible changes in gene regulation linked to hybrid dysfunction. Previous studies in Drosophila that used long-diverged species pairs with complete or nearly complete isolation (i.e., full sterility and partial inviability of hybrids) and high-levels of genome misregulation have found correlations between expression and coding sequence divergence. The work highlighted the possible effects of directional selection driving sequence divergence and transgressive expression. Whether the same is true for taxa at early stages of divergence that have only achieved partial isolation remains untested. Here, we reanalyze previously published genome expression data and available genome sequence reads from a pair of partially isolated subspecies of Drosophila to compare expression and sequence divergence. We find a significant correlation in rates of expression and sequence evolution, but no support for directional selection driving transgressive expression in hybrids. We find that most transgressive genes in hybrids show no differential expression between parental subspecies and used SNP data to explore the role of stabilizing selection through compensatory mutations. We also examine possible misregulation through cascade effects that could be driven by interacting gene networks or co-option of off-target cis -regulatory elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».