MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3113340395 · doi:10.1074/jbc.ra120.014726

Optimization of a peptide ligand for the adhesion GPCR ADGRG2 provides a potent tool to explore receptor biology

2020· article· en· W3113340395 sur OpenAlexaff
Yujing Sun, Daolai Zhang, Ming‐liang Ma, Hui Lin, Youchen Song, Junyan Wang, Chuanshun Ma, Ke Yu, Wentao An, Shengchao Guo, Dongfang He, Zhao Yang, Peng Xiao, Gui‐Ge Hou, Xiao Yu, Jin‐Peng Sun

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueReceptor Mechanisms and Signaling
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Science Fund for Distinguished Young ScholarsNational College Students Innovation and Entrepreneurship Training ProgramNatural Science Foundation of Shandong ProvinceNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésG protein-coupled receptorComputational biologyReceptorLigand (biochemistry)PeptideBiologyCell biologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The adhesion GPCR ADGRG2, also known as GPR64, is a critical regulator of male fertility that maintains ion/pH homeostasis and CFTR coupling. The molecular basis of ADGRG2 function is poorly understood, in part because no endogenous ligands for ADGRG2 have been reported, thus limiting the tools available to interrogate ADGRG2 activity. It has been shown that ADGRG2 can be activated by a peptide, termed p15, derived from its own N-terminal region known as the Stachel sequence. However, the low affinity of p15 limits its utility for ADGRG2 characterization. In the current study, we used alanine scanning mutagenesis to examine the critical residues responsible for p15-induced ADGRG2 activity. We next designed systematic strategies to optimize the peptide agonist of ADGRG2, using natural and unnatural amino acid substitutions. We obtained an optimized ADGRG2 Stachel peptide T1V/F3Phe(4-Me) (VPM-p15) that activated ADGRG2 with significantly improved (>2 orders of magnitude) affinity. We then characterized the residues in ADGRG2 that were important for ADGRG2 activation in response to VPM-p15 engagement, finding that the toggle switch W 6.53 and residues of the ECL2 region of ADGRG2 are key determinants for VPM-p15 interactions and VPM-p15-induced Gs or arrestin signaling. Our study not only provides a useful tool to investigate the function of ADGRG2 but also offers new insights to guide further optimization of Stachel peptides to activate adhesion GPCR members.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,049
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations34
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of Biological ChemistryMême sujetReceptor Mechanisms and SignalingTravaux en français237 207