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Enregistrement W3113859479 · doi:10.1093/brain/awaa410

<i>De novo</i> stop-loss variants in <i>CLDN11</i> cause hypomyelinating leukodystrophy

2020· article· en· W3113859479 sur OpenAlexafffund
Korbinian M. Riedhammer, Sylvia Stöckler, Rafał Płoski, Maren Wenzel, Burkhard Adis-Dutschmann, Uwe Ahting, Bader Alhaddad, Astrid Blaschek, Tobias B. Haack, Robert Kopajtich, Jessica Lee, Victor Murcia Pienkowski, Agnieszka Pollak, Krystyna Szymańska, Maja Tarailo‐Graovac, Robin van der Lee, Clara D.M. van Karnebeek, Thomas Meitinger, Ingeborg Krägeloh‐Mann, Katharina Vill

Notice bibliographique

RevueBrain · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA regulation and disease
Établissements canadiensAlberta Children's HospitalUniversity of CalgaryBC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekZonMwNational Ataxia FoundationGenome British ColumbiaStichting MetakidsBundesministerium für Bildung und ForschungBC Children's HospitalCanadian Institutes of Health ResearchGenome Canada
Mots-clésBiologyMyelinWhite matterLeukodystrophyGeneticsExome sequencingCompound heterozygosityMutationGeneNeuroscienceMedicineCentral nervous systemPathologyMagnetic resonance imaging

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Claudin-11, a tight junction protein, is indispensable in the formation of the radial component of myelin. Here, we report de novo stop-loss variants in the gene encoding claudin-11, CLDN11, in three unrelated individuals presenting with an early-onset spastic movement disorder, expressive speech disorder and eye abnormalities including hypermetropia. Brain MRI showed a myelin deficit with a discrepancy between T1-weighted and T2-weighted images and some progress in myelination especially involving the central and peripheral white matter. Exome sequencing identified heterozygous stop-loss variants c.622T>C, p.(*208Glnext*39) in two individuals and c.622T>G, p.(*208Gluext*39) in one individual, all occurring de novo. At the RNA level, the variant c.622T>C did not lead to a loss of expression in fibroblasts, indicating this transcript is not subject to nonsense-mediated decay and most likely translated into an extended protein. Extended claudin-11 is predicted to form an alpha helix not incorporated into the cytoplasmic membrane, possibly perturbing its interaction with intracellular proteins. Our observations suggest that stop-loss variants in CLDN11 expand the genetically heterogeneous spectrum of hypomyelinating leukodystrophies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations29
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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