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Enregistrement W3114322797 · doi:10.1073/pnas.2018015118

Minimal gene set from <i>Sinorhizobium</i> ( <i>Ensifer</i> ) <i>meliloti</i> pSymA required for efficient symbiosis with <i>Medicago</i>

2020· article· en· W3114322797 sur OpenAlexafffund
Barney A. Geddes, Jason V. S. Kearsley, Jiarui Huang, Maryam Zamani, Zahed Muhammed, Leah M. Sather, Aakanx K. Panchal, George C. diCenzo, Turlough M. Finan

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueLegume Nitrogen Fixing Symbiosis
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGovernment of Canada
Mots-clésRhizobiaNitrogen fixationSinorhizobium melilotiSymbiosisSinorhizobiumBiologyRhizobiumRhizobiaceaeBotanyGeneBacteriaGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Significance Modern agriculture is dependent on the yearly application of large quantities of nitrogen fertilizer acquired via the chemical fixation of N 2 in the Haber–Bosch process. More sustainable agricultural systems take advantage of biological nitrogen fixation, particularly the symbiosis between nitrogen-fixing bacteria called rhizobia and leguminous plants. A long-term goal of symbiotic nitrogen-fixation (SNF) research is to optimize its use in agriculture by improving rhizobia or by engineering symbiotic relationships into nonlegumes. Using the model rhizobium Sinorhizobium ( Ensifer ) meliloti , we establish that only 58 genes from the 1.35-Mb pSymA megaplasmid are required for effective SNF. This minimal SNF gene set, and genetic platform, have important implications for engineering approaches to optimize rhizobia inoculants and transfer symbiotic abilities to novel backgrounds.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,045
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations33
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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