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Enregistrement W3115151307 · doi:10.1038/s41588-020-00748-0

Trans-ancestry genome-wide association meta-analysis of prostate cancer identifies new susceptibility loci and informs genetic risk prediction

2021· review· en· W3115151307 sur OpenAlexaff
David V. Conti, Burcu F. Darst, Lilit C. Moss, Edward J. Saunders, Xin Sheng, Alisha Chou, Fredrick R. Schumacher, Ali Amin Al Olama, Sara Benlloch, Tokhir Dadaev, Mark N. Brook, Ali Sahimi, Thomas J. Hoffmann, Atushi Takahashi, Koichi Matsuda, Yukihide Momozawa, Masashi Fujita, Kenneth Muir, Artitaya Lophatananon, Peggy Wan, Loı̈c Le Marchand, Lynne R. Wilkens, Victoria L. Stevens, Susan M. Gapstur, Brian D. Carter, Johanna Schleutker, Teuvo L.J. Tammela, Csilla Sipeky, Anssi Auvinen, Graham G. Giles, Melissa C. Southey, Robert J. MacInnis, Cezary Cybulski, Dominika Wokołorczyk, Jan Lubiński, David E. Neal, Jenny L. Donovan, Freddie C. Hamdy, Richard M. Martin, Børge G. Nordestgaard, Sune F. Nielsen, Maren Weischer, Stig E. Bojesen, Martin Andreas Røder, Peter Iversen, Jyotsna Batra, Suzanne K. Chambers, Leire Moya, Lisa G. Horvath, Judith A. Clements, Wayne D. Tilley, Gail P. Risbridger, Henrik Grönberg, Markus Aly, Robert Szulkin, Martin Eklund, Tobias Nordström, Nora Pashayan, Alison M. Dunning, Maya Ghoussaini, Ruth C. Travis, Timothy J. Key, Elio Ríboli, Jong Y. Park, Thomas A. Sellers, Hui‐Yi Lin, Demetrius Albanes, Stephanie J. Weinstein, Lorelei A. Mucci, Edward L. Giovannucci, Sara Lindström, Peter Kraft, David J. Hunter, Kathryn L. Penney, Constance Turman, Catherine M. Tangen, Phyllis J. Goodman, Ian M. Thompson, Robert J. Hamilton, Neil E. Fleshner, Antonio Finelli, Marie‐Elise Parent, Janet L. Stanford, Elaine A. Ostrander, Milan S. Geybels, Stella Koutros, Laura E. Beane Freeman, Meir J. Stampfer, Alicja Wolk, Niclas Håkansson, Gerald L. Andriole, Robert N. Hoover, Mitchell J. Machiela, Karina D. Sørensen, Michael Borre, William J. Blot, Wei Zheng, Edward D. Yeboah, James E. Mensah, Yong‐Jie Lu, Hong-Wei Zhang, Ninghan Feng, Xueying Mao, Yudong Wu, Shan‐Chao Zhao, Zan Sun, Stephen N. Thibodeau, Shannon K. McDonnell, Daniel J. Schaid, Catharine West, N.G. Burnet, Gill Barnett, Christiane Maier, Thomas Schnoeller, Manuel Luedeke, Adam S. Kibel, Bettina F. Drake, Olivier Cussenot, Géraldine Cancel‐Tassin, F. Ménégaux, Thérèse Truong, Yves Akoli Koudou, Esther M. John, Eli Marie Grindedal, Lovise Mæhle, Kay‐Tee Khaw, Sue A. Ingles, Mariana C. Stern, Ana Vega, Antonio Gómez‐Caamaño, Laura Fachal, Barry S. Rosenstein, Sarah L. Kerns, Harry Ostrer, Manuel R. Teixeira, Paula Paulo, Andreia Brandão, Stephen Watya, Alexander Lubwama, Jeannette T. Bensen, Elizabeth T. H. Fontham, James L. Mohler, Jack A. Taylor, Manolis Kogevinas, Javier Llorca, Gemma Castaño‐Vinyals, Lisa Cannon‐Albright, Craig C. Teerlink, Chad D. Huff, Sara S. Strom, Luc Multigner, Pascal Blanchet, Laurent Brureau, Radka Kaneva, Chavdar Slavov, Vanio Mitev, Robin J. Leach, Brandi Weaver, Hermann Brenner, Katarina Ćuk, Bernd Holleczek, Kai-Uwe Saum, Eric A. Klein, Ann W. Hsing, Rick A. Kittles, Adam B. Murphy, Christopher J. Logothetis, Jeri Kim, Susan L. Neuhausen, Linda Steele, Yuan Chun Ding, William B. Isaacs, Barbara Nemesure, Anselm Hennis, John Carpten, Hardev Pandha, Agnieszka Michael, Kim De Ruyck, Gert De Meerleer, Piet Ost, Jianfeng Xu, Azad Hassan Abdul Razack, Jasmine Lim, Soo‐Hwang Teo, Lisa F. Newcomb, Daniel Lin, Jay H. Fowke, Christine Neslund‐Dudas, Benjamin A. Rybicki, Marija Gamulin, Davor Lessel, Tomislav Kuliš, Nawaid Usmani, Sandeep K. Singhal, Matthew Parliament, Frank Claessens, Steven Joniau, Thomas Van den Broeck, Manuela Gago-Domínguez, Jose E. Castelao, Marı́a Elena Martı́nez, Samantha Larkin, Paul A. Townsend, Claire Aukim-Hastie, William S. Bush, Melinda C. Aldrich, Dana C. Crawford, Shiv Srivastava, Jennifer Cullen, György Petrovics, Graham Casey, Monique J. Roobol, Guido Jenster, Ron H. N. van Schaik, Jennifer J. Hu, Maureen Sanderson, Rohit Varma, Roberta McKean‐Cowdin, Mina Torres, Nicholas Mancuso, Sonja I. Berndt, Stephen K. Van Den Eeden, Douglas F. Easton, Stephen J. Chanock, Michael B. Cook, Fredrik Wiklund, Hidewaki Nakagawa, Rosalind A. Eeles, Zsofia Kote‐Jarai, Christopher A. Haiman

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2021
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversity of AlbertaUniversité de MontréalPrincess Margaret Cancer CentreInstitut National de la Recherche ScientifiqueUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilEuropean Society for Medical OncologyNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesCancer Research UKWellcome TrustNational Institute of Environmental Health SciencesIpsenNational Institute for Health and Care ResearchAchievement Rewards for College Scientists Foundation
Mots-clésProstate cancerOdds ratioBiologyGenome-wide association studyGenetic genealogyPopulationConfidence intervalDemographyGeneticsCancerOncologyInternal medicineSingle-nucleotide polymorphismMedicineGenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Prostate cancer is a highly heritable disease with large disparities in incidence rates across ancestry populations. We conducted a multiancestry meta-analysis of prostate cancer genome-wide association studies (107,247 cases and 127,006 controls) and identified 86 new genetic risk variants independently associated with prostate cancer risk, bringing the total to 269 known risk variants. The top genetic risk score (GRS) decile was associated with odds ratios that ranged from 5.06 (95% confidence interval (CI), 4.84-5.29) for men of European ancestry to 3.74 (95% CI, 3.36-4.17) for men of African ancestry. Men of African ancestry were estimated to have a mean GRS that was 2.18-times higher (95% CI, 2.14-2.22), and men of East Asian ancestry 0.73-times lower (95% CI, 0.71-0.76), than men of European ancestry. These findings support the role of germline variation contributing to population differences in prostate cancer risk, with the GRS offering an approach for personalized risk prediction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,013

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,002
Bibliométrie0,0030,003
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,330
Écart entre enseignants0,298 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations500
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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