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Enregistrement W3116046254 · doi:10.1111/jse.12722

A framework infrageneric classification of<i>Carex</i>(Cyperaceae) and its organizing principles

2020· article· en· W3116046254 sur OpenAlexaff
Eric H. Roalson, Pedro Jiménez‐Mejías, Andrew L. Hipp, Carmen Benítez‐Benítez, Léo P. Bruederle, Kyong‐Sook Chung, Marcial Escudero, Bruce A. Ford, Kerry A. Ford, Sebastian Gebauer, Berit Gehrke, Marlene Hahn, Muhammad Qasim Hayat, Mathias H. Hoffmann, Xiao‐Feng Jin, Sangtae Kim, Isabel Larridon, Étienne Léveillé‐Bourret, Yi‐Fei Lu, Modesto Luceño, Enrique Maguilla, José Ignacio Márquez‐Corro, Santiago Martín‐Bravo, Tomomi Masaki, Mónica Míguez, Robert F. C. Naczi, Anton A. Reznicek, Daniel Spalink, Julian R. Starr, Tamara Villaverde, Marcia J. Waterway, Karen L. Wilson, Zhang Shu-Ren

Notice bibliographique

RevueJournal of Systematics and Evolution · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueBotany, Ecology, and Taxonomy Studies
Établissements canadiensSte. Anne's HospitalMcGill UniversityUniversity of OttawaUniversité de MontréalUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesMinisterio de Ciencia e InnovaciónMinisterio de Economía y CompetitividadSmithsonian InstitutionNational Science Foundation
Mots-clésCarexSubgenusCyperaceaePolyphylyBiologyCladePhylogeneticsPhylogenetic treeEvolutionary biologyBotanyGenusGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Phylogenetic studies of Carex L. (Cyperaceae) have consistently demonstrated that most subgenera and sections are para‐ or polyphyletic. Yet, taxonomists continue to use subgenera and sections in Carex classification. Why? The Global Carex Group (GCG) here takes the position that the historical and continued use of subgenera and sections serves to (i) organize our understanding of lineages in Carex , (ii) create an identification mechanism to break the ~2000 species of Carex into manageable groups and stimulate its study, and (iii) provide a framework to recognize morphologically diagnosable lineages within Carex . Unfortunately, the current understanding of phylogenetic relationships in Carex is not yet sufficient for a global reclassification of the genus within a Linnean infrageneric (sectional) framework. Rather than leaving Carex classification in its current state, which is misleading and confusing, we here take the intermediate steps of implementing the recently revised subgeneric classification and using a combination of informally named clades and formally named sections to reflect the current state of our knowledge. This hybrid classification framework is presented in an order corresponding to a linear arrangement of the clades on a ladderized phylogeny, largely based on the recent phylogenies published by the GCG. It organizes Carex into six subgenera, which are, in turn, subdivided into 62 formally named Linnean sections plus 49 informal groups. This framework will serve as a roadmap for research on Carex phylogeny, enabling further development of a complete reclassification by presenting relevant morphological and geographical information on clades where possible and standardizing the use of formal sectional names.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,013

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,070
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,165 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations101
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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