Chromosomal aberrations in breast cancer tumors using cDNA microarray CGH.
Notice bibliographique
Résumé
105 In this study we have taken advantage of a large cohort of axillary node negative (ANN) breast cancer patients to look for the chromosomal aberrations using array based comparative genomic hybridization (a-CGH). To date we have completed a-CGH on more than 50 ANN tumors from a cohort of cases from the Toronto area. In order to confirm that our experimental microarray platform could be used to assess CGH we used tumor cell lines including BT474, UACC812, T47D, SKBR3 and found several different amplification and deletions to be consistent with published results from several laboratories using different microarray platforms. The same optimum conditions used in those experiments were applied to tumor genomic DNA where 1ug of Alu1 and Rsa1 digested genomic DNA was labeled with Cy3 and control placenta DNA was labeled with Cy5 using random Bioprime labeling kit. After overnight labeling the labeled products were purified, pooled together and hybridized on 19K cDNA microarray chips. The fluorescence intensity of the fluors was quantitated using an Axon scanner and the quantity was converted into an actual signal to noise ratio using GenePix Pro. In the first stage of the analysis, we delineated regions of chromosomal loss and gain for each patient using the Olshen Bioconductor package DNAcopy. Each region was assigned an alteration type (i.e., normal, loss /deletion, gain/amplification) based on the log2 copy number ratios of the contained clones. In the second stage of the analysis, the alterations were tabulated across patients yielding a ranking according to alteration frequency of the top regions for further examination. Overall, 58 regions of gain and 31 regions of loss were identified. Many of the regions of alterations detected are known genes or candidate oncogenes such as ERBB2 at 17q12, CND1 at 11q13, FGFR1 at8p11.2-11.1 and MYC at 8q24.12-q24.13. Hence from these observations we conclude that array based CGH may be useful for the identification of new genetic targets in breast cancer tumorigenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».