Genealogical concordance, comparative species delimitation, and the specific status of the Caspian pipefish <i>Syngnathus caspius</i> (Teleostei: Syngnathidae)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract To evaluate the specific validity of the Caspian pipefish Syngnathus caspius , we used a comparative molecular species delimitation method on a COI barcode library of Syngnathus , as well as principles of genealogical concordance. Comparative species delimitation allowed us to delineate putative species without a priori assignment of individuals to nominal species, while genealogical concordance extended our species delimitation results to multiple genes, multiple codistributed species, and comparisons with biogeographic evidence. All species delimitation analyses including two topology‐based, one network‐based, and one distance‐based analysis showed genetically isolated lineages of pipefish in the Black and Caspian Sea, corresponding to S. abaster and S. caspius , respectively. Mean evolutionary divergence between the two lineages (0.029) was within the range separating species of Syngnathus (0.024–0.217). The interclade/intraclade ratio of variation was comparable to the operational criterion of divergence between clades greater or equal to 10 × the level within clades to recognize separate species. Our argument on taxonomic validity of S. caspius is also supported by the principles of genealogical concordance as a conceptual basis for recognition of biological species. As a second objective, using a limited number of S. caspius specimens from two semi‐confined water bodies along the Caspian Sea south coastal zone (i.e., Anzali Wetland in the west and Gorgan Bay in the east), we searched for a possible matrilineal structure. The retrieved phylogeographic pattern was characterized by a shallow genealogy and lineage distributions varied, most probably caused by low to modest contemporary gene flow between populations of S. caspius across the southern Caspian Sea that are linked tightly through history.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».