A new type of disordered CP12 protein in the marine diatom Thalassiosira pseudonana
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background CP12 is a small chloroplast protein that is widespread in various photosynthetic organisms and is often involved in the redox metabolic on/off switch of the Calvin Benson Bassham (CBB) cycle. The gene encoding this protein is conserved in many diatoms, but the protein has been overlooked in these organisms, despite their ecological predominance and their complex and still enigmatic evolutionary background. Methods A combination of biochemical, bioinformatics and biophysical methods including electrospray ionization-mass spectrometry, circular dichroism, nuclear magnetic resonance and small X ray scattering spectroscopy, was used to characterize a diatom CP12. Results Here, we demonstrate that CP12 is expressed in the marine diatom Thalassiosira pseudonana constitutively in dark-treated and in continuous light-treated cells as well as in all growth phases. This CP12 behaves abnormally under gel electrophoresis, is heat resistant and lacks a structural core, all features of intrinsically disorder family similarly to its homologues in other species. By contrast, unlike other known CP12 proteins that are monomers, this protein is a dimer as shown by native electrospray ionization-mass spectrometry and small angle X-ray scattering. In addition, small angle X-ray scattering showed that this CP12 is an elongated cylinder with kinks. Circular dichroism spectra indicated that CP12, though it has features of disordered proteins, has a high content of α-helices. Nuclear magnetic resonance spectroscopy showed that these helices are unstable and dynamic within a millisecond timescale. Together with in silico predictions, these results suggest that T. pseudonana CP12 has both coiled-coil and disordered regions. Conclusions These findings bring new insights into the large family of intrinsically disordered proteins increasing the diversity of known CP12 proteins. This raises questions about the role of this protein in addition to the well-established regulation of the CBB cycle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».