Evolution and Characterization of Penicillin-Resistant Streptococcus pneumoniae in Canadian Hospitals 2007-2010
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus pneumoniae continues to cause considerable morbidity and mortality as a respiratory tract pathogen. Evolution and adaptation of S. pneumoniae occurs in response to antimicrobial use as well as vaccination of children and adults. The evolution of penicillin-resistant and multi-drug resistant (MDR) S. pneumoniae is of considerable concern to scientists and clinicians. In this study, penicillin-resistant isolates of S. pneumoniae were collected from the CANWARD national surveillance study over the years of 2007-2010 inclusive, and were studied to understand their demographic characterization, antimicrobial resistance patterns, serotype distribution, genetic and phenotypic relatedness, and virulence factors. This study determined penicillin-resistant S. pneumoniae from Canadian hospitals to be genetically related and frequently possess a MDR phenotype. These highly pathogenic pneumococci originated from all over Canada, and were isolated from patients from a wide age range in a variety of hospital settings. The emerging serotype 19A represented the most important source of penicillin and MDR strains. Clusters of penicillin-resistant S. pneumoniae isolates were genetically related to each other and to internationally recognized clones, including Taiwan19F-14, Spain9V-3, Spain23F-1, and England14-9. The pilus-encoding genetic islet virulence factors, PI-1 and PI-2 were associated with serotypes 19A, 19F, 9V, 14, and 35B, with PI-2 associated only with 19A and 19F isolates. In conclusion, penicillin-resistant S. pneumoniae accounted for 3.4% of all S. pneumoniae from Canadian hospitals between 2007-2010 and were isolated from patients of a wide age range, from all hospital ward types and all regions across Canada. These virulent S. pneumoniae were represented predominantly by the emerging serotype 19A, commonly exhibited a MDR phenotype, were genetically related and frequently possessed the virulence factors, P1 and P2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».