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Enregistrement W3116749864 · doi:10.1021/acs.bioconjchem.0c00670

Trifluorinated Keto–Enol Tautomeric Switch in Probing Domain Rotation of a G Protein-Coupled Receptor

2020· article· en· W3116749864 sur OpenAlexaff
Xudong Wang, Wenjie Zhao, M. Sameer Al‐Abdul‐Wahid, Yiming Lu, Tao Cheng, Jesper J. Madsen, Libin Ye

Notice bibliographique

RevueBioconjugate Chemistry · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueReceptor Mechanisms and Signaling
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesUniversity of South Florida
Mots-clésChemistryTautomerLigand (biochemistry)Transmembrane domainG protein-coupled receptorMolecular dynamicsBiophysicsDomain (mathematical analysis)Conformational changeEnolPopulationDrug discoveryReceptorStereochemistryComputational chemistryBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Conformational dynamics and transitions of biologically active molecules are pivotal for understanding the physiological responses they elicit. In the case of receptor activation, there are major implications elucidating disease mechanisms and drug discovery innovation. Yet, incorporation of these factors into drug screening systems remains challenging in part due to the lack of suitable approaches to include them. Here, we present a novel strategy to probe the GPCR domain rotation by utilizing the 19fluorine signal variability of a trifluorinated keto–enol (TFKE) chemical equilibrium. The method takes advantage of the high sensitivity of the TFKE tautomerism toward microenvironmental changes resulting from receptor conformational transitions upon ligand binding. We validated the method using the adenosine A2AR receptor as a model system in which the TFKE was attached to two sites exhibiting opposing motions upon ligand binding, namely, V229C6.31 on transmembrane domain VI (TM6) and A289C7.54 on TM7. Our results demonstrated that the TFKE switch was an excellent reporter for the domain rotation and could be used to study the conformational transition and dynamics of relative domain motions. Although further studies are needed in order to establish a quantitative relationship between the rotational angle and the population distribution of different components in a particular system, the research presented here provides a foundation for its application in studying receptor domain rotation and dynamics, which could be useful in drug screening efforts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,966

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,220
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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