Quantification of Tissue Specific Expression of ABC type B transporters in Eschscholzia californica
Notice bibliographique
Résumé
Adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporters are a diverse superfamily of transmembrane proteins found in all eukaryotes. These proteins couple the hydrolysis of ATP to the transport of a wide variety of substrates across cellular membranes. In plants, ABC type B (ABCB) transporters have been shown to be involved in the transport of both growth regulators (auxin) and secondary metabolites. Plant secondary metabolism refers to the vast array of small molecules being produced, but not directly required for plant growth and development. However, secondary metabolites have been shown to play important roles in plant defense, such as in deterring herbivory or resistance to pathogens. It has been shown that transport between cell types is necessary in the biosynthesis of many of these metabolites and that ABC transporters play a necessary role in this trafficking. Eschscholzia californica, or the California poppy, accumulates alkaloids within specialized cells within roots. Our lab previously identified EcABCB1, a transporter involved in the transport of these alkaloids. In this project, using the recently-released draft genome of E. californica, we have identified seven additional putative ABCB transporters (ABCB2-7). Using quantitative polymerase chain reaction (qPCR), we will quantify their expression profiles in a tissue-specific manner. These results will then be used to draw inferences of the function of each candidate gene, based on comparative analysis of expression profiles of ABCB homologs in Arabidopsis thaliana. Preliminary data shows that EcABCB1 is expressed in both roots and stems, whereas EcABCB2 is expressed ubiquitously across all tissues. This may indicate that EcABCB2 may be involved in the transport a growth factor such as auxin, which is a metabolite necessary for growth across all organs. In order to obtain a better understanding of the biochemistry of plants and the synthesis of their alkaloids, the transporters required for this synthesis must be characterized. *Indicates presenter
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».