Phylogeny and biogeography of the Japanese rhinoceros beetle, <i>Trypoxylus dichotomus</i> (Coleoptera: Scarabaeidae) based on SNP markers
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Japanese rhinoceros beetle Trypoxylus dichotomus is one of the largest beetle species in the world and is commonly used in traditional Chinese medicine. Ten subspecies of T. dichotomus and a related Trypoxylus species (T. kanamorii) have been described throughout Asia, but their taxonomic delimitations remain problematic. To clarify issues such as taxonomy, and the degree of genetic differentiation of Trypoxylus populations, we investigated the genetic structure, genetic variability, and phylogeography of 53 specimens of Trypoxylus species from 44 locations in five Asian countries (China, Japan, Korea, Thailand, and Myanmar). Using specific‐locus amplified fragment sequencing (SLAF‐seq) techniques, we developed 330,799 SLAFs over 114.16M reads, in turn yielding 46,939 high‐resolution single nucleotide polymorphisms (SNPs) for genotyping. Phylogenetic analysis of SNPs indicated the presence of three distinct genetic groups, suggesting that the various subspecies could be treated as three groups of populations. PCA and ADMIXTURE analysis also identified three genetic clusters (North, South, West), which corresponded to their locations, suggesting that geographic factors were important in maintaining within population homogeneity and between population divergence. Analyses of SNP data confirmed the monophyly of certain subspecies on islands, while other subspecies (e.g., T. d. septentrionalis) were found to be polyphyletic and nested in more than one lineage. AMOVA demonstrated high level of differentiation among populations/groups. Also, pairwise FST values revealed high differentiation, particularly between South and West, as well as between North and South. Despite the differentiation, measurable gene flow was inferred between genetic clusters but at varying rates and directions. Our study demonstrated that SLAF‐seq derived markers outperformed 16S and COII sequences and provided improved resolution of the genetic differentiation of rhinoceros beetle populations from a large part of the species’ range.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».