Metaproteomic Profiling of Fungal Gut Colonization in Gnotobiotic Mice
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Eukaryotic microbes can modulate mammalian host health and disease states, yet the molecular contribution of gut fungi remains nascent. We previously showed that mice exclusively colonized with fungi displayed increased sensitivity to allergic airway inflammation and fecal metabolite profiles similar to germ-free mice. To gain insights into the functional changes attributed to fungal colonization, we performed quantitative proteomic analyses of feces and small intestine of four-week-old gnotobiotic mice colonized with bacteria, fungi, or both. A comparison of fecal metaproteomic profiles between the mouse groups yielded broad changes in the relative levels of bacterial (46% of 2,860) and mouse (76% from 405) proteins. Many of the detected fungal proteins (3% of 1,492) have been previously reported as part of extracellular vesicles and having immunomodulating properties. Changes in the levels of mouse proteins derived from the jejunum (4% of 1,514) were mainly driven by proteins functional in lipid metabolism and apoptosis. Using metaproteomic profiling of gnotobiotic conditions, we show that fungal colonization profoundly impacts the host gut proteome. Our results suggest that an increased abundance of certain gut fungal species in early life may impact the developing intracellular balance of epithelial and immune cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».