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Enregistrement W3118694895

Development and Characterization of Calcium Sensors for In vivo Neuronal Activity Imaging

2018· article· en· W3118694895 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueURSCA Proceedings · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell Image Analysis Techniques
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésFluorescenceFluorescent proteinCalciumBrightnessBiophysicsCalcium imagingIn vivoConstruct (python library)Computational biologyBiologyLive cell imagingYellow fluorescent proteinCell biologyChemistryGreen fluorescent proteinBiochemistryCellComputer scienceGeneticsOpticsGenePhysics
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Genetically-Encoded Fluorescent Calcium Indicators for Optical Imaging (GECOs), that modulate their fluorescence intensity in response to changes in calcium ion concentration, are powerful tools for the investigation of cell biology. These fluorescent indicators are vital when it comes to cellular imaging because they allow the non-invasive study of cells, tissues, and sub-cellular structures at a detail that was previously not possible. The focus of this project is engineering a new GECO that exhibits favourable characteristics, such as increased brightness and a higher fold change. To develop this new GECO, we started from mNeonGreen, the brightest monomeric fluorescent protein currently available. An initial prototype construct was made using rational design, following the precedent of the GCaMP series of indicators. This construct was further improved using directed protein evolution with colony-based screening of libraries of randomly generated variants. We observe the brightness of promising new variants and perform tests to see how new mutations have affected the brightness and the fold change of the variant. After many rounds of screening, our latest variant of mNeonGreen-GECO exhibits a Ca2+-dependent change of eight. When compared to the original construct, this indicator appears significantly brighter with higher contrast between Ca2+-bound and Ca2+-free states. Directed evolution is ongoing and we expect to produce a fluorescent indicator that will be used for in vivo imaging of intracellular Ca2+ dynamics. We will further image its calcium dynamics directly in Zebrafish and compare our variants with mNeonGreen fluorescent protein and the GCaMP series. Using mNeonGreen, we hope to create a calcium indicator that researchers can use to investigate the physiological activity of organs, understand the signaling patterns within tissues, and use to study the various disease states which may lead to the development of new therapies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil0,307

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle