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Enregistrement W3119232027 · doi:10.1016/j.jcmgh.2020.12.012

Norovirus-Specific CD8+ T Cell Responses in Human Blood and Tissues

2021· article· en· W3119232027 sur OpenAlexaff
Ajinkya Pattekar, L Mayer, Chi Wai Lau, Chengyang Liu, Olesya Palko, Meenakshi Bewtra, Lisa C. Lindesmith, Paul D. Brewer-Jensen, Ralph S. Baric, Michael R. Betts, Ali Naji, E. John Wherry, Vesselin T. Tomov

Notice bibliographique

RevueCellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueViral gastroenteritis research and epidemiology
Établissements canadiensPancreas Centre (Canada)
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institutes of HealthDeutsche ForschungsgemeinschaftWellcome TrustUniversity of Pennsylvania
Mots-clésBiologyEpitopeCD8Immune systemImmunologyCytotoxic T cellVirologyImmunityT cellCellular immunityAntibodyGeneticsIn vitro

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background & Aims Noroviruses (NoVs) are the leading cause of acute gastroenteritis worldwide and are associated with significant morbidity and mortality. Moreover, an asymptomatic carrier state can persist following acute infection, promoting NoV spread and evolution. Thus, defining immune correlates of NoV protection and persistence is needed to guide the development of future vaccines and limit viral spread. Whereas antibody responses following NoV infection or vaccination have been studied extensively, cellular immunity has received less attention. Data from the mouse NoV model suggest that T cells are critical for preventing persistence and achieving viral clearance, but little is known about NoV-specific T-cell immunity in humans, particularly at mucosal sites. Methods We screened peripheral blood mononuclear cells from 3 volunteers with an overlapping NoV peptide library. We then used HLA-peptide tetramers to track virus-specific CD8 + T cells in peripheral, lymphoid, and intestinal tissues. Tetramer + cells were further characterized using markers for cellular trafficking, exhaustion, cytotoxicity, and proliferation. Results We defined 7 HLA-restricted immunodominant class I epitopes that were highly conserved across pandemic strains from genogroup II.4. NoV-specific CD8 + T cells with central, effector, or tissue-resident memory phenotypes were present at all sites and were especially abundant in the intestinal lamina propria. The properties and differentiation states of tetramer + cells varied across donors and epitopes. Conclusions Our findings are an important step toward defining the breadth, distribution, and properties of human NoV T-cell immunity. Moreover, the molecular tools we have developed can be used to evaluate future vaccines and engineer novel cellular therapeutics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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